1902至1904年，国内学界反抗专制的风潮此起彼伏，接踵不断，波及全国十几个省份的各级各类学堂。清政府对此极为不安。张之洞视察京师大学堂时，“在座中所论，深以学界风潮为忧，谓庚子时此风尚不过汉沪一隅，乃不过三年，已遍大陆，可畏实甚。”[1]到1904年年底华兴会起义失败及万福华事件后，国内政治风潮渐趋平静。《大陆》杂志载文《革命狱与谋刺案之影响》论道：“湖南革命狱始兴，学界骤为之谙，上海谋刺案继起，政界大为之惊。……连日枢府与管学大臣互谒密商，颇耸观听。各学堂学生骄态锐减，有失其常度者。”[2]在高压与腐败的双重刺激下，1904年年底至1905年再次出现国内激进学生的东渡热潮。许多拒俄运动中归国的留日学生在国内无法立足，也纷纷重返日本。两年内留日学生总数从1300人激增至8600人，除甘肃外，各省均有大批学生留日。本来清政府派遣留学生，意在巩固和改善其统治基础。然而，数千中国学生聚集日本，在东京形成一个政治活动中心，为同盟会的成立提供了有利条件。
1903至1904年年初，留日学生的革命倾向一度有所削弱，原因之一，激进分子大都归国运动革命，各省同乡会所办刊物又相继停刊，因而影响了对留学界本身的宣传。原因之二，大批新到学生良莠不齐，特别是清政府所派学习政治、警务者，多为保举的官绅，名为学生，实则游历，使留学生的成分发生较大改变。1904年，仅在东京法政大学速成科就读的官绅即达300人，占留日学生总数的十分之一。[3]“其游学也，多含有保举之目的，故人类不齐，棍骗及宿娼之事，所在多有。”[4]《大陆》杂志说：“三期为官费生最多时代，如山东，如两湖，如四川，动派数百人，其人非纨绔即腐儒，大都舍图功名富贵以外无他志。”[5]1903年年底俄事风云再起时，留日学生仍有200人集会，准备重编义勇队。而日俄开战后，“东京留学生之归国者接踵于途，其在留者则足不敢出户，迥异曩昔者慷慨激昂奔走号召之态矣。”[6]连清驻日公使也说：“近年此间留学生多知向学，较前安静。”[7]这种情形引起国内一些报刊的尖锐批评。