废科举一个影响深远的社会后果即中国的城乡渐呈分离之势。传统中国士人以耕读为标榜，多数人是在乡间读书，继而到城市为官。旧制做官的读书人，或候缺或丁忧或告老，多半要还乡。新制则“学生”与城市的关联越来越密切，而与乡村日益疏远；大学（早期包括中学）毕业基本在城市求职定居，甚至死后也安葬在城市，不像以前一样要落叶归根。前者不止是人员的流通，它还意味着信息、资金等多渠道的流通，使整个社会处于一种循环的流动之中。后者实际意味着以前整个社会的循环流动在很大程度上逐渐衰竭，并走向中止（这当然有个过程，且各地情形不一）。
废科举后不久，即有人担心，“吾国官无大小，所居者城市也。今日大声疾呼争权利以兴学者，皆城市之民也”。官立和层次较高的公立学堂也多在城镇，即使“偶有一二富乡，搜集种种捐款，建设一二学堂，所教者绅族也、富室也；林林万众，裹足不入”。若“长此不改，一二年后，城市大乡，贵族学校林立，官可以报绩，绅且据以自豪”，而乡间恐怕“除百一绅富家外，大多数学龄童子皆将不识一丁”。乡村“读书种子既绝，而市民、非市民之阶级，由此永分：市民之学堂日益增多，非市民之负担日益增重；市民有权利而无义务，非市民有义务而无权利”；其潜在的祸患难以量计。[1]这一担忧与前引举人李蔚然的观察是吻合的。
二十多年后，黄炎培总结说，科举制在历史上的好处，即在使“贵族教育移到平民教育身上”；科举既废，教育本应更加平民化，然兴学校的结果，“转不免带多少贵族教育的意味”，为“科举时代所料想不到”。主要即体现在“学校的设置既偏于都市，学费的征取更足使中等以下社会人家无力送他的子女就学”。[2]教育的城乡差别当然并非只有负面的结果，有些人反可能从中获益。安徽乡间私塾尚未沾染口岸风气的传统蒙学教育，对少年胡适就曾大有帮助，使他得以在上海的新学堂连续跳级。[3]但多数人对新学堂的体验似不那么理想。