陈寅恪评语的另一重意思，是所谓南学与北学（即黄河流域）的优劣浮沉。中国南北文化差异明显，学术风格也各自不同。朱维铮教授认为：“把空间分布作为学术派分的畛域，始于南北朝。但承认‘统一’时代还存在学术的地域剖分，则盛于北宋。”[1]清代以来，学者论学，每每讲究地域与流派的关系。清初顾炎武《日知录》引《论语》评南北学者之病，指北方学者“饱食终日，无所用心”，南方学者“群居终日，言不及义，好行小慧”。梁启超早年《论中国学术思想变迁之大势》，即分先秦学派为南北两支，各有正宗与支流，并据以归纳南北学之精神。[2]日本京都学派论述清代学术史也多牵连及此。
但南北学者若扬己抑彼，则为不智。民初《清史稿·儒学传》成，请人评审，吴士鉴提出增加崔述，“其所著书，虽无家法，而北学除通州雷、肃宁苗、昌平王三人外，尚觉寥寥。东壁久已悬人心目之中，能否增附于雷传之下，以餍北人之望，而免他日北人攻南之弊。此中消息极微渺，侄非助北学，乃所以护南学耳。”[3]陈垣对褒陈澧贬崔述者道：“师法相承各主张，谁非谁是费评量，岂因东塾讥东壁，遂信南强胜北强。”[4]道光初年江藩著《宋学渊源记》抑南扬北，但他本人籍贯扬州，而且照朱维铮教授所见，本意当在贬斥桐城诸家。
总体而言，南学强于北学，当是近代学术的一般态势。即以旧学而论，民初北京尊奉清代北学正宗颜李学派的，唯有徐世昌的四存学会，其余均为南学派系。直到20世纪20年代末，王重民、孙楷第、张西堂、刘盼遂、谢国桢、王静如、罗根泽、孙海波、肖鸣籁、齐念衡、庄严、傅振伦等组织学文学社，因社员多系淮黄流域学者，向达、赵万里名之为北学派，其实不过戏言。[5]