陈寅恪虽然在20世纪40年代声称其不治晚清史，但晚清史的概念在当时并不等于近代史。而陈寅恪的主要研究领域在相当长的时期内至少包含时人公认的近代史。
陈寅恪关于近代史的看法，为人引述最多者，恐怕要数写于1933年的《冯友兰中国哲学史下册审查报告》所谓：“寅恪平生为不古不今之学，思想囿于咸丰同治之世，议论近乎曾湘乡张南皮之间。”[1]这段话乍看意思显然，其实玄机隐伏，不易理解。如“不古不今之学”，有学者认为“指国史中古一段，也就是他研究的专业”。[2]具体而言，即佛教史、唐史、诗史互证和六朝史论。此说虽然有1923年陈寅恪亲笔的《与妹书》，以及后来（约1935年）杨联陞笔录的隋唐史第一讲笔记等资料佐证[3]，似与史实大有出入。
陈寅恪号称不治上古及晚清历史，只是不写论著而已。即使以其平生撰述为范围，自魏晋迄明清，均有精深的研究，很难以“国史中古一段”来界定。20世纪30年代以后，他虽然将主要精力集中于魏晋隋唐史和唐代诗文，仍然重视宋以后的历史。他为邓广铭《宋史职官志考证》作序，很大程度是为了倡导以良法治宋代历史文化的“新宋学”。尤其是对明清史的研究，不仅始终未曾忽视，而且一直没有停止。他在清华研究院担任的指导学科之一，是蒙古、满洲书籍及碑志与历史有关系者之研究[4]；1926年担任北京大学研究所国学门导师，提出的四项研究题目中，包括搜集满洲文学史材料[5]；1928年中央研究院历史语言研究所在广州成立，陈寅恪被聘请为研究员，以秘书代行所长职务的傅斯年希望他就近在北京负责整理内阁大库档案。[6]
历史语言研究所迁往北平后，其下设的第一组即历史组的工作内容为关于史学各方面及文籍考订，具体研究标准为：