对于清史尤其是晚清史的研究，陈寅恪从史料到史学一直有不少精辟而独到的见解。其治史强调要收罗古今中外公私敌我正史杂书各种资料，融会贯通。他曾针对仓促成书的《清史稿》谈及相关的史料与史学，认为：
史馆中史料残缺殊甚，某人任某门，则某门之史料即须某人以私人资格搜罗。微特浩如烟海之史料，难由一二私人征集，即自海通以还，一切档案，牵涉海外，非由外交部向各国外交当局调阅不可，此岂私人所能为者也？边疆史料，不详于中国载籍，而外人著述却多精到之记载，非征译海外著述不可。又如太平军之役，除官书外，史料亦多缺轶。曾氏初起时，曾遣人之粤侦伺洪氏内幕。此人备历艰险，作有详细报告，成一专书，名曰《贼情回报》[1]，今其书尚存，于太平军中诸领袖人物，皆为作略历，如小传，一切法制规例，皆详列靡遗。此类极有价值之史料，若不出重价购买，则于太平军内容，必难得其详。此事亦非私人所能了。又乾隆以前《实录》皆不可信，而内阁档案之存者，亦无人过问。清人未入关前史料，今清史馆中几无一人知之，其于清初开国史，必多附会。
1928年，他为挽救由李盛铎保存、濒临毁坏的内阁档案向各处呼吁，认为其中“有明一代史料及清初明清交涉档案，极为重要，……（清华）研究院如能扩充，则此大宗史料，实可购而整理之”。[2]后来日本满铁公司闻讯，订约购买。陈寅恪与胡适等人“坚谓此事如任其失落，实文化学术上之大损失，明史、清史，恐因而搁笔，且亦国家甚不名誉之事也”。[3]
重视资料搜集之外，陈寅恪晚年的治学重心下移到明清史，其成就及方法对于近代史研究有极为重要的启示与示范作用。可惜此节尚未得到学术界的充分认识和重视。近代学者，承续清学余荫，竞相拥挤于古史狭境。“当时学术界凡主张开新风气者，于文学则偏重元明以下，史学则偏重先秦以上。”[4]所以章太炎批评“今之讲史学者，喜考古史，有二十四史而不看，专在细致之处吹毛求瘢”。[5]1934年2月赵万里与朱自清谈论“现在学术界大势”，慨叹：“大抵吾辈生也晚，已无多门路可开矣。日本人则甚聪慧，不论上古史而独埋首唐宋元诸史，故创获独多也。”[6]其实不仅日本学者，近代史学界二陈（垣、寅恪），也都是不论上古史。陈寅恪为陈垣《元西域人华化考》作序，称“先生是书所发明，必可示以准绳，匡其趋向”，“关系吾国学术风气之转移者至大”，不仅路径须“脱除清代经师之旧染”，“合于今日史学之真谛”，而且领域应由“三代两汉”而“中古以降”。[7]