争胜便不免有异同分合。陈垣以研究古教成名，也由此与伯希和结缘。尤其是关于摩尼教的研究。1923年4月，陈垣在北京大学《国学季刊》第1卷第2号发表《摩尼教入中国考》，以京师图书馆所藏敦煌摩尼教经残卷，参照其他相关史料考证宗教史。此问题及资料，沙畹、伯希和十年前已经做过研究，并在《亚洲报》发表《研究京师图书馆藏敦煌摩尼教残经》，内容与陈垣文多相类，而陈并未看过沙、伯二人的论文。此事被时人断为水准相近者用相同材料研究同一问题，其结论往往相似的典型。陈垣文后出，所引材料及探讨问题较前人详备，或认为论及此事者虽有蒋伯斧、伯希和、王国维等数人，“具体解决者，只有陈援庵一人”。[1]伯希和看到陈垣的论文，即致函陈垣，查询有关宋元间摩尼教流入福建的情形，尤其关注耳闻已久的福州乌石山刻有二宗经、三际经的两块宋碑。[2]陈接信后，即托樊守执代为查访。樊氏先是设法坐实伯希和是否由龚易图处获得信息，继而到乌石山及其支脉的各宫观、寺庙、祠堂、宅邸及沿山石崖寻访多日，均无发现，遂断定“乌石一山实无该经石刻、木刻或经卷”。[3]此事虽无结果，却是陈垣与伯希和文字交往的发端。
伯希和与中国学者结缘，敦煌遗书是重要媒介。1924年陈垣将北平图书馆藏敦煌经卷八千余轴，分辨类别，考订同异，编成目录，名《敦煌劫余录》，据说取其历劫仅存之意。1930年付梓时，陈垣自序，中有“（清光绪）三十三年，匈人斯坦因、法人伯希和相继至敦煌，载遗书遗器而西，国人始大骇悟”。友人劝以序中不要直接提名，因为二氏来中国，在学术界集会上彼此还常见面，而且“劫余”二字太“刺激”，是否改一名称。陈答称：“用劫余二字尚未足说明我们愤慨之思，怎能更改！”[4]是书1931年由历史语言研究所印行。两年后伯希和对陈垣推崇有加，并不以“劫余”之斥为忤。陈垣与伯希和关于学术为天下公器和学者民族感情相辅相成的态度，成为那一时期中外学术交流进入相对正常的发展轨道的重要基因。