厦门大学国学院冲突的另一要因，是来自校方及理科的压迫。在鲁迅与顾颉刚的矛盾被降温后，一些学人将批判矛头主要指向了校长林文庆和理科主任兼校长秘书刘树杞，尤其是关于林语堂的各种传记，多持此说。
鲁迅离开厦门大学时，厦大学生认为是校方容不得鲁迅，除校长林文庆外，办理行政事务的刘树杞应负主要责任，因而发动反刘风潮。加上教员中闽南派与外省派的矛盾，刘树杞不得不随之离校，前往武汉大学任职。鲁迅本人也说过厦大“理科也很忌文科，正与北大一样”。[1]不过，突出鲁迅与刘树杞的矛盾，有被林语堂的一面之词所误导之嫌。[2]此事须跳出冲突各方的矛盾纠葛，从当时整个中国的学术发展背景着眼观察。
抛开与“现代评论”派的矛盾，鲁迅对厦门大学的印象一开始便不大好，以后则更加坏。其形容该校的名言，是“硬将一排洋房，摆在荒岛的海边上”。[3]他认为该校没有人才，缺乏计划，校长尊孔，学生太沉静，教员则大行“惟校长之喜怒是伺，妒别科之出风头，中伤挑眼”的“妾妇之道”。与北京相比，是同样污浊的小沟。[4]这固然表现了鲁迅本人一贯的犀利言锋，但对于厦门大学及国学院的主办者而言，则有失公允。
厦大由爱国华侨陈嘉庚独力承办，在当时的中国实为创举。他请林文庆担任校长，从教育的角度看未必最佳，人事安排上却自有依据。林文庆为新加坡著名侨领，是新加坡历史上第一位获得英女王奖学金的华人，毕业于英国爱丁堡大学医学院，担任海峡殖民地立法会议员。19世纪末到20世纪初，他先后参与了孙中山、康有为等人领导的革命及勤王活动，与国内政界发生联系。[5]民初又曾担任南京临时政府官员。其主持校政期间，所聘教授多为一时之选。如博物院主任秉志，美国康乃尔大学农学院动物专业毕业获博士学位后，到声名最著的宾夕法尼亚大学Wister生物研究所研究解剖学三年，归国后曾任南京高师（东南大学）教授，并在南京中国科学社办博物院。[6]他“讲学之时即建立最高之标准，自始即提倡研究”[7]，在中国自然科学界为继北大地质系之后开风气之先者，其培养的学生名家辈出，多为中国生物学界重镇。此人不仅学问上佳，而且为了学术事业不惜牺牲个人。他后来担任南京科学社生物研究所和北平静生生物调查所事务，将自己收入的半数贴在里边，往来北平、南京多坐二等车，有时坐三等，刻苦程度为人所不及。[8]1935年1月，胡适向陈济棠说明“现在中国的科学家也有很能做有价值的贡献的了，并且这些第一流的科学家又都有很高明的道德”，随口所举的四位科学家中，就有“生物学家的秉志”。[9]新中国成立后，曾拟邀其出任科学院院长。