厦门大学国学院风波，就事件本身而言或许并无深刻的实质意义，但放宽眼界，此事背后则蕴含着中国政治与学术重新分化组合的重要转折。如何处理二者的关系，确是当时中国学人面对的一大难题。
五四新文化运动所提倡的新思想、新文化，在形式和内容上都是政治与学术相混合的产物。因而不同派系和观念的人物可以组合到一起。随着形势的变化和矛盾的发展，认识的歧异自然而然地变得难以协调，离异甚至分裂在所难免。
新文化运动的核心主要是北京大学的一批学者，其内部大致可分两派，一是民初尤其是蔡元培长校以来逐渐取代桐城派而兴的太炎门生，一是陈独秀、李大钊、胡适等新进。后来陈、李二人脱离北大，胡适无形中成为后一派的代表。双方对于学术和政治的看法互有异同，在面对校内外反对势力时还能一致对外，但在许多问题上不仅存在分歧，而且时有冲突，甚至各派内部（尤其是后一派）意见也不统一。由此演变而来的北京大学内部的党派纠葛，如法日派与英美派、“语丝派”与“现代评论”派、浙籍与他省等，相互缠绕，异常复杂，令不少学人将任教北大视为畏途。
在籍在系的鲁迅，只是北大的讲师，严格说来，并非北大派的正牌。不过他与陈源的冲突，确实反映了北大派内部的进一步分裂。对于鲁迅、陈源、周作人之间“深仇也似”的笔战，尽管胡适宁可相信各自动机的“正谊”，仍直言离题越来越远，是无意义的无头官司，是减损自己的光和热的自相猜疑，自相残害。他呼吁论战各方：“我们的公敌是在我们的前面；我们进步的方向是朝上走。”“不要回头睬那伤不了人的小石子，更不要回头来自相践踏。”[1]鲁迅虽然没有公开批驳胡适，对于诸如此类的论调绝对不以为然。从他对林语堂、周作人、陈源等人的尖锐抨击与讽刺，可以想见胡适的主张必然在其锋芒所向的范围之内，也是属于正人君子的假面。