1954年11月13日，胡适在复洪业的信中说：“十年来，我重审《水经注》一案，虽然有几分为人辩冤白谤的动机，其实是为了要给自己一点严格的方法上的训练。”[1]但比较十年前他写给王重民的信，开始目标显然不在律己。他说：“我的主要目的还是要为考证学方法举一组实例，为东原洗冤还是次要目的也。”[2]
胡适一生，始终想将自己与科学方法相联系，而与前人有所分别。因为成心立异，前后主张有时便不能一以贯之。他早年承认“清代的‘朴学’确有‘科学’的精神”，其通则便是在假设的前提下运用归纳的方法，并据此总结出“（1）大胆的假设，（2）小心的求证”的十字名言。此法倍受各方批评，虽为胡门招牌，具体内容和实例却均来自前人，而且不包括科学方法的另一重要部分——实验。[3]所以1923年胡适代表国学门全体作《〈国学季刊〉发刊宣言》，就主张借鉴欧美日本的科学方法，以改变没有条理系统和缺乏比较参考的清学弊端。写于1928年的《治学的方法与材料》，胡适虽然坚持科学方法的应用仍是“大胆的假设，小心的求证”，却认为东西方的材料完全不同，一为文字，一为实物，结果实物的材料导致实验的方法，引起不同的结果。
重审《水经注》案后，胡适更认为在他之前，“根本上还是考证学方法不曾上科学的路子”。[4]对此他后来解释道：审案“也是借《水经注》一百多年的糊涂官司，指出考证的方法，如果没有自觉的批评、检讨、修正，那就很危险”。[5]许多有名的学者之所以犯大错误，“根本原因在于中国考证学还缺乏自觉的任务与自觉的方法。任务不自觉，所以考证学者不感觉他考订史实是一件最严重的任务，是为千秋百世考定历史是非真伪的大责任。方法不自觉，所以考证学者不能发觉自己的错误，也不能评判自己的错误。”方法的自觉即自我批评，自我检讨，自我修正。实验的方法就是一种自觉的方法。社会人文学科往往无法实验，因此不但要小心地求证，还得要有批评的证据。