近代思想和学术的变化当然受到现代性的影响，和佛教直接相关的问题主要表现在以下一些方面。首先，官方神学逐渐走向衰落，这主要表现在儒家权威的丧失。这种丧失除了受到西方政治与社会思想的冲击之外，也表现在这种权威赖以生存的政治制度的解体，即科举制度的解体[118]。因为西方政治和社会思想的冲击导致晚清出现托古改制和维新变法的新思潮[119]。科举制度的解体使传统士人学习儒家《四书》、《五经》进入官府的路途出现中断。这可以看作是世俗化的一种表现。
其次，中国逐渐走出帝制时代，转向民族国家的建构，对于民族和国家政权的认识也转向在现代政治论述和制度下对其重新定义。中国知识阶层开始重新认识中国的民族问题、政权问题。至少在民族问题上，民国初期基本上已经很少有人还钟情于排满，五族共和的观念较为深入人心。中国的知识阶层也开始重新认识自身民族与其他民族的关系。至少从寅恪的著作来看，他不是很强调汉族的主体性，但也并未明显地偏向使用民国以来逐渐构建的中华民族主体性，他更多是提及作为国族的中国民族。
最后，进化论的历史观念在四方社会思想的传入下影响了许多人重新思考中国历史的发展，也包括中国宗教、中国佛教的发展，还包括重新思考中国的宗教与其他宗教、哲学思想的比较问题，以及在这一比较背景下对中国宗教和佛教进行重新定义的问题[120]。在这一背景下，我们可以更为清楚地看到当时中国佛教学界所面临的困境和挑战。中国佛教界不得不对近代宗教特别是基督教、哲学、科学都作出其应对。其中科学即包括自然科学，也包括西方传来的“科学的佛教研究”或者“近代佛教学”。因为这种学问全面改变了人们对印度古代宗教、语言和文化的认识。