寅恪先生的佛学研究也带有很强的民族主义（nationalism）倾向，或者更准确而言带有文化民族主义倾向。这里所说的文化民族主义，乃是以文化作为本民族身份认同的中心要素，而其具体表现在民族学术、文学艺术的发展和弘扬。在研究寅恪学术的个案中，即主要指其学术研究中完全以本民族、本国地区为中心。寅恪的文化民族主义可能受到德国近代思想家赫尔德影响[53]，和文献主义一样，这与他在德国的学术训练紧密联系。
这种文化民族主义受寅恪本人对近代社会的感同身受影响。当时中国处于政治经济和文化上相对于欧美日本的落后状态，寅恪痛惜国人不得不去日本学习“国史”，而他对于百日维新的失败、清军在甲午战争的战败、巴黎和会中国外交的失败等均有深刻体验。作为一名学者，他企盼在学术研究中能扮演保存国史的角色，使中华的民族文化能在民族面临深重危机的近代能够有所保存和彰显[54]。
以语言和文献而论，寅恪先生虽然熟悉梵文、巴利文，藏文[55]，但他治学的重点仍然是汉地的汉文文献、汉传佛教。从治学所关注的地域而言，寅恪不重视南亚特别是印度、斯里兰卡，其他东亚佛教传统如韩国佛教、日本佛教则更不在他兴趣之内。虽使用巴利文材料但不注重印度及南亚佛教历史。即使是研究西域佛教的西方学者，也对陈十分不熟悉。如王邦维先生说，“因为专业的关系，我读过一些欧洲学者研究西域佛教的著作或文章，其中一些研究作得非常好。但我有一个印象，或者说遗憾，这些学者几乎不知道陈先生，当然也就很少能把与他们的研究有关的陈先生的成果吸收到他们的著作中去。”[56] 关键在于寅恪的关注点其实并不在西域地区，而在汉地，在中原。他用功的重点是佛教汉文文献，使用梵文和藏文、蒙文文献不过是为阅读汉文文献作参证。