一般认为，大学自治与学术自由关系密切，以致许多对高等教育没有专门研究和思考的非专业人士，不愿花工夫弄清两者的关系。而专业人士通常将大学自治当作学术自由的制度保障，或者将大学自治当作学术自由的延伸。
德国学者一般将大学自治看作保障学术自由的制度条件。1919年德国《魏玛宪法》第一百四十二条规定：“艺术、学术及其教学是自由的，国家应予保护并奖励之。”当时的学者舒米特（C. Schmitt）认为，此项条款包含一种制度保障，因为大学的学术自由惟有置于大学自治这项制度的保障之下，才可能实现。豪斯汀（G. Holstein）也认为，大学是法律体系内一个建立在精神生活自治之上的组织，在学术自由的保障中，不仅要保障教授们的自律生活，也要确保界定与发展这种自律生活的组织形式。对于联邦德国基本法第五条第三款“人人有自由从事艺术、科学、教育和研究的权利”，德国学者科特根（A. Kottgen）主张，它不仅关注学者个人的学术自由，而且为作为学者团体的大学的自治提供了一种制度保障。[1]这种观点在德国很具有代表性，而且得到了联邦宪法法院的认可。在1973年下萨克森州临时大学法违宪的判决中，联邦宪法法院认为：
国家必须通过人事上、财政上与组织上之措施，来促进并资助对自由的学术之照顾以及其之传与后代。亦即对于自由之学术活动提供使其能发挥功能之制度（funktinsfhige Insitutionen）。……在以公的措施建立与维护的学术活动领域，亦即给付行政之领域中，国家必须以适当之组织上措施来关切：在不侵害自由的学术活动之基本权利的程度内，如何顾虑到学术制度之其他法定任务以及不同之参与人的基本权利，而能促进此一基本权利。由此可得出，在参与公的学术活动之领域中，学术活动之核心范围，必须保留给各别基本权利主体来自我决定。[2]