一般认为，现代高等教育起源于中世纪大学。中世纪大学在当时被称为“教师与学生的组合”（Universitas Magistrorum et Scholarium）。开始的时候是教师和学生为了研究、学习和教授高级专业知识自发组织起来的，具有行会的性质。行会是从事同一行业的人，为了维护共同利益而组织的团体，具有一定程度的自治性。当时国家权力弱小，法律制度和行政形态尚未完备，许多人为了保护自己的利益，加入各种团体，行会是这些团体中重要的一种。
这些大学在社会中的影响力越来越大，教皇多出于这些大学，法律、医学和神学的高级从业人员也多出于这些大学，使这些大学比一般的行会享有更为崇高的地位，它们在社会上和政治上受到优待。
欧洲中世纪文化败落，这些大学是当时文化和知识领域非常稀缺的资源，教会和世俗统治者都很需要这种资源。中世纪大学经常游刃于教会与世俗统治者之间，以及世俗统治者之间的冲突和斗争中，为自己争取到了不少特权。比如，1158年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世（Frederick Barbarossa Ⅰ）下令对博洛尼亚大学法科的学生给予“特别保护”，并给予大学“免除一般裁判权之适用”的特权。这意味着，在一般情况下，大学具有对其学生和教师的独立审判权。大学的学生与校外人员或学生与学生之间发生诉讼时，由大学审理，学生和教师不受校外法律的约束。在当时，这被认为是大学不容侵犯的权利之一。1209年，牛津大学学生涉嫌杀人，警察入校捕人，引起学校与市政当局的争执，未获解决，部分师生遂迁至剑桥，成立剑桥大学。除了独立的审判之外，大学师生通常还有免除兵役和赋税的特权。
大学自主管理学校的事务。当所在城市政府或领主违背学校意愿，插手学校事务的时候，大学可采用“课业停止”以及迁移等手段与政府对抗。这些方法往往可以迫使城市当局做出让步，因为大学可以为城市或领主带来许多好处，“他们是一批不容忽视的经济上的主顾、能够为培训顾问和官员提供教育市场、为城市带来赫赫声望”[1]。当然，其他地方也会以更优惠的条件吸引大学迁入本地。1229年，英国国王亨利三世（Henry Ⅲ）曾向巴黎大学的师生保证，凡迁入英国者，可指定城乡地点作为“安身之所”，并有种种安全立法，让大学师生“安享自由及太平之幸福”。这使得大学所具有的自治权和特权日益扩大，在当时甚至类似于“国中之国”。[2]