大学自治，准确地说是大学的学术自治。大学的学术活动主要是研究和教学，研究和教学的自治是大学自治的核心内容。然而，大学自治不能仅仅是研究和教学活动本身的自治，也应涉及达成大学研究、教学自治的条件。“一般而言，除研究、教学活动之外，事务达成的机能直接与此活动有关联或用以保护这些活动者，均为自治的对象。”[1]
这意味着，大学的学术自治，不仅仅是由大学内部管理系统自主地决定大学的学术事务，而且，在社会提供相应的保证机制和保证条件的前提下，大学内部管理系统能够依照自己的教育哲学，自主地决定大学的学术事务。如果大学内部管理系统迫于特定的机制或局势，不得不对一些学术事务“自主地”做出违背其哲学的决定，那么，大学并未真正实现自治。迫于生存的压力，学校不得不“违心”地做出一些决定，在任何国家的高等教育系统中都会发生。
一般地、明确地划分教育系统中政府行政管理的事项和大学学术自治的事项，是不可能的。通常情况下，政府和社会都会遵从传统，不干涉历史上形成的、传统地被认为属于大学自治范围内的事务；而在一些特定的情况下，当政府和大学就大学自治的事务不能达成一致（一般表现为大学声称政府不适当地干涉了属于自己自治范围内的事务）的时候，司法介入经常成为解决争执的合适途径，司法机构多会视乎具体情况，权衡得失，做出判决。
关于历史上形成的、传统地被认为属于大学自治范围的事务，美国最高法院两位法官弗兰克福特和哈兰1957年在Sweezy Vs.New Hampshire一案表达的协同意见中，提出的“大学的四项基本自由”，被奉为经典：“大学的任务即在于提供一个最为有益于思维、实验和创造的环境。那是一个可以达成大学的四项基本自由——在学术的基础上自己决定‘谁来教’‘教什么’‘如何教’以及‘谁来学’的环境。”[2]