大学与政府的关系，是随着时代的发展，政治体制的改变而变化的。作为现代大学源头的中世纪大学，起源于12世纪欧洲的学术复兴。1100年和1200年之间，古希腊的哲学、科学和艺术，以及古罗马法，通过西班牙的阿拉伯学者传入欧洲，这些知识“创造了专门的学术职业”，吸引求知欲旺盛的青年跋山涉水来到博洛尼亚和巴黎，组成学术行会组织。这些“师生协会”是当时意大利各城市中普遍的行会组织的一种，却是现代大学的直接起源。[1]欧洲中世纪大学是基于学生和教师的学术活动而建立起来的行会，尽管它们有时也会获得教会或国王的特许状，但政府对管理这些行会并没有特别的兴趣（原因可能是欧洲的民族国家尚未形成，大学对于政府实现其目标还没有发挥重要的作用），克拉克·克尔将这个阶段大学的治理模式称为“游学学者和主要的自治的大学的自由市场模式”。[2]
然而，“由于民族国家兴起的反响，游学学者的完全的‘自由市场’从来没有完全再涌现”。[3]民族国家的兴起改变了欧洲社会的面貌。民族国家的政府明显加强了对公共事务的管理，教育也由于与实现国家目标有密切的关系，而被列入加强管理的事务之列。但不同的传统和不同的历史背景，使得政府涉入高等教育的程度不同，政府与高等教育机构的关系也不同。在法国和德国，政府都较早涉入高等教育的管理。然而，1806年耶拿之战之后，德国人认识到一个自由的高等教育体系对国家富强的重要意义，尽管大学仍然被确定为国家机构，但在政府的宏观管理之下，高等教育机构获得了很大的自治权利，校内的学术事务被完全交给了教授。在法国，大学同样被认定为国家机构，而且，政府对高等教育机构的管理，直至学校的教师、课程和学位。克拉克·克尔称法国的高等教育管理模式为“微观管理模式”。这种模式也传播到意大利和西班牙等国。