对于三级教研组织，很显然，本书站在了辩护者的立场，为其存在寻找依据，对其作用给予阐释……毋庸讳言，就如世界上所有事物一样，教研室当然也有自身的“软肋”。就此，纵然立场坚定，还是需要正视。虽然不是专门讨论，但至少以下几点值得提出。
首先，可能扼杀教师的创造。教学活动的特殊性在于，注定不存在一成不变、按部就班的标准程序，所谓“教无定法”就是说的这个道理。教研组织和教研活动所提供的一切，永远只能是“半成品”，在其基础之上，通过教师个体的创造性劳动，借助他们的个人思考加以变通，借助他们的教学行为灵活地加以运用，才可能产生真正生动活泼，真正富有生机和魅力的教学。“社会的、科技的或科层的合理性并不等同于个体的理性意志与能力的机会，往往会被这种合理性的发展所扼杀。”[1]无论是县（区）教研室的集中教研活动，还是学校备课组的教案，不是必然，却的确有可能束缚教师个体的独立思考，以致消解了富有价值的不同声音，磨灭了新颖灵动的探索尝试，甚至压抑或扼杀他们的创造**，在极端的情况下，则可能导致教学的雷同呆板，千人一面。“如果从个人身上舍去社会的因素，我们便只剩下一个抽象的东西，如果我们从社会方面舍去个人的因素，我们便只剩下一个死板的，没有生命力的集体。”[2]如何令各级教研组织长袖善舞的同时，鼓励每个教师个体的独立探索？这是十分严肃的课题。有前辈学者在谈到新中国学习苏联建立学校教研组时曾经说过：“中小学教研组以学科为单位，教师以所授学科为依据，分别列入相应的教研组，共同备课，互相听课，集体参加学校的各种活动。这种组织，有利于发挥教师的集体作用，保证教学质量，特别是能发挥老教师指导帮助青年教师的作用。但也有一些消极作用，即助长有些教师的依赖心理，同时有时会抑制教师的创造性。”[3]虽然这段话是就学校教研组而谈，实际上对于三级教研组织的任何层次都适用。