教材除了承载知识，还要体现学习认知的过程，渗透教学的思路。然而，纸质教材局限于平面化的纸质载体，内容呈现缺乏层次，“一览无余”。尽管为了引导学生主动学习，体现认知发展的过程，教材编写者希望将诸如实验现象、探究结论等内容暂时隐藏，让学生在不受干扰地情况下，通过思考、钻研得出自己的答案，然后再“揭晓谜底”进行核对。换言之，纸质教材允许对内容呈现的选择只有“有”或“无”，没有“先”和“后”。在教材使用时，当教师在正式教学之前想让学生通过阅读教材进行自学，却由于学生提前知晓了结论，学习的新奇感、趣味性大大降低，学习探究实践活动常常沦为走过场、走形式，学生的学习变得“只唯书、只唯上”。这种状况严重妨碍了学生的观察、思考、质疑和创新。
除此之外，教材内容之间缺乏直接的关联性，不能进行快速检索和通过链接进行跳转，查找特定的内容会费时费力。除了妨碍阅读和降低学习效率，也不利于学生对相关知识进行整合使之系统化。