微课程的设计是一个系统工程，一般要经过选题设计、授课视频拍摄、后期加工、在线发布实施、评价反馈等环节，才能确保其质量。
（一）主题设计
微课程的选题要精练，教学内容要明晰，或针对课前导入，或针对关键概念讲解，或针对难点突破，或针对课后拓展延伸，可以是知识讲解、教材解读、题型精讲、考点归纳，也可以是方法传授、经验分享等方面的展示。
（二）课程内容设计
微课程的内容有一定体系，既要完整又不能占时太长，因此涉及的教学目标不应太繁杂，内容体系关系也应简洁，每一个课程具体内容的学习不宜耗费学习者太多时间。
（三）教学过程设计
微课程的教学过程要简短，重点突出。教学过程要注意包括对问题提出、活动安排、学生学习等环节的考虑和设计。
1.教学过程快速引入
微课程每一讲或每一课都要开门见山直入主题，关联紧凑，迅速切题。具体方式可以是疑问导入、现象导入或操作演示等，也可以从以前的基本教学内容引入。
2.内容组织线索要清晰
微课程要尽可能围绕主要线索展开具体内容的组织。围绕这条线索突出重点内容，展示主干内容，剪掉可有可无的内容，以避免体系复杂、内容繁多。具体内容的教学中重点要突出，内容要精而简，讲解简明清晰，以免引发新的疑问。
3.设计总结点评，提炼学习内容
好的总结可以对学习内容起到提纲挈领的作用，可以加深学生所学内容的印象，减轻学生的记忆负担，因此课程中安排必要的总结点评能提高学生学习的效果。
（四）资源设计
微课程的教学内容一般要求指向明确、主题突出、相对完整，通常用视频的方式“统整”教学设计（包括教案或学案）、多媒体教学素材和课件、练习测试、学生的反馈等相关资源，构成一个主题鲜明、结构紧凑、类型多样的“资源包”，便于学生按需学习。