这三个世纪的欧洲，首先，源于意大利的人文主义在大学的演变过程中扮演了重要的角色，在近代早期影响了全欧洲的每一所大学；其次，这一时期的欧洲伴随着宗教团体和各个民族国家的分离而形成了整个欧洲政治世界的分裂，并由此带来了一系列无休止的政治迫害和军事纷争。但总体而言，但丁的诗歌、印刷术的发明、1453年君士坦丁堡的衰落、1492年美洲新大陆的发现等历史事件与科学发明，开始与大学对接，逐渐融入大学生活。在培根的《新工具论》（1620）与《伟大的复兴》（1624）卷头版画“船只通过海格立斯灯塔驶向广阔的大海”，表明了学者价值判断标准的变化，由过去基于权威的、传统的规范判断标准，转变为与将来的新的、有价值的、发现的可能性相一致的新的判断标准；而且人类行为方式获得了新的意义，整个世界成为人类行动的舞台，成为科学、学术好奇心和努力的目标[1]，对世界的科学调查超越了民族、国家、宗教的界限，成为知识界的责任和存在自由。对于近代早期的欧洲大学，韦尔热曾经评论到，它们并不享有什么好名声，人们往往使用的“僵化”“颓废”“麻木”这样的词汇描述它们。因此，有研究者认为，“1500—1800年的大学不那么令人感兴趣，因为在社会最需要它们的时候，它们却忽视了自己的社会功能，陷入危机”[2]。然而，最近几十年中出现的重要文献研究表明，现在人们可能需要扭转对当时大学衰落印象的负面评价。
一、大学与教会、政府：保持正统性与促进公共生活
鉴于中世纪大学产生的历史背景，大学与教会、政府会因地点、时间和各个不同影响因素的差异而不同，有时会偏向教会，有时会偏向政府，其间关系相当复杂，而在近代早期，这些关系更为复杂，因为教会与政府之间的整体关系发生了许多重大的变化。