如前所述，由于个人情感与价值标准的显著差异，一所大学可能拥有一个或多个有关“它是什么”或“它应当是什么”的形象，然而其整体自我形象的核心是对真理的兴趣，即大学的首要使命是传播和发现关于重大问题的真理。所有这些五光十色的形象本身就暗示了大学成员的学术自由、行为规范、承担的使命或所负的责任等。由于任何理论都不可能是完善和完美的，同时也不意味着所有的理论都是同等合理的，于是“合理的分歧”就成为大学学者在理论争鸣中限于这样一种“范围”，即在其中，“学术自由”合理空间使得每个学者能够以口头或书面的形式自由地探讨和阐释他们的研究结果。
自从中世纪产生现代意义上的大学开始，作为商人行会或手工业行会性质的大学就拥有了独立法人的地位，并通过特许状从教会和封建领主那里分享了一部分自治权，大学及其师生获得了结社、罢课、罢教，自由安排课程、聘请教师或享有迁移权、行乞权、免除赋役和捐税、特别司法等特权，大学以学术共同体身份获得“自治”的同时，最初意义上的“学术自由”亦肇始于此。毫不夸张地说，早期大学一度与教会、封建主构成了大学历史上具有独特风景的“三权鼎立”关系。如果说，教会统治的是人的信仰，封建主管辖的是人的世俗生活的话，那么大学划出的管理疆域毫无疑问是学术与知识。所以，自从产生了现代意义上的大学后，教会与社会分离、宗教与学问分离就成为大学学术自由的首要条件。因此，大学自治的传统与追求真理的传统就在这一时期开始真正建立起来。它们是现代大学从中世纪继承下来的最重要遗产，也对大学学术自由做出了最大的贡献。随着文艺复兴与启蒙运动的兴起，人文思想和科学理性激起了大学变革，德国哈勒大学（1694）对大学学科与教学方法进行了重大改革，在历史上“第一次确立了学术自由的原则”[1]。随着哥廷根大学（1737）的创立，到18世纪末、19世纪初，“科学研究自由和教学自由的原则普遍受到承认，而且被政府承认为大学的基本法”[2]。最终，随着柏林大学（1810）的创建，学术自由通过洪堡的阐述正式确定为作为大学的基本制度，并成为构成现代大学的基石。在这里，学术自由包含了两方面的意思：（1）如洪堡所说，大学是“社会的道德灵魂”，这时候“自由的沉思”是大学的基本特征；（2）大学有探求最纯粹和最高形式的知识的自由，不受权力和利益的羁绊。