在高等教育评估中会遇到很多问题，但随着评估理念的发展，评估技术的进步以及评估经验的积累，许多问题已迎刃而解或不是国际上普遍的问题，但一些问题还困惑于高等教育评估活动中，向“左”向“右”都很为难。总结这类问题，能够为结合本国国情开展高等教育评估活动提供新的思考。
一、高等教育评估目的：规范还是特色？
开展高等教育评估活动必须首先回答其目的的问题，它是高等教育评估的基础性问题。在不同历史时期以及不同的国家，对它的回答有所不同的。就当代而言，高等教育评估是为了促进高等教育的规范发展还是特色发展？
高等教育的规范发展与特色发展是高等教育两种不同的发展模式。从思辨上理解，一方面，高等教育的特色发展离不开规范发展的。没有规范，高等教育发展失去“方圆”，更不可能谈其特色发展。因此，高等教育评估就是要捍卫高等教育的规范。任何一所富有特色的高校，在它的发展史中都能体现出它的规范。另一方面，高等教育的规范发展也离不开特色发展。一所高校的发展如果是因循守旧，跟随其他高校的发展或简单地复制他校的发展模式而没有特色，到头来可能高校的发展失去了生存空间。因此，高等教育评估必须注重高校发展特色。因此，从理论上看，高等教育的规范发展与特色发展是需要协调一致的。但高等教育实践的规范发展与特色发展毕竟有所不同，而且高等教育实践活动比较高等教育理论发展更为丰富和复杂，高等教育评估必然引起人们的思考：高等教育评估是为了促进高校的规范发展还是特色发展？
在高等教育评估实践活动中，对被评高校评估信息的采信，必然对高校的教学、科研、师生等方面的信息进行收集、整理、归类和验证与解释，最后很可能出现的结果是各高校水平或学科都不错，但这却与实际结果相差甚远。甚至一些高校为了得到合格或优秀水平，针对评估机构的既定指标去拼够学校的教育活动，使自己的学校办学失去了应该有的特色。