随着政府职能的转变，中央摆脱了对高等教育事无巨细的管理，将工作重心转移到制定目标和质量监管上来，而通过评估来保障质量和国家目标的实现已成为法国高等教育治理的基本环节。不管大学自治的程度如何，都离不开各级相关法律政策[1]的监管。
但是评估制度的建设却是个复杂的问题。首先，高等教育的多元主体对于评估标准的看法各有不同；其次，教育全球化的发展使各国评估体系的建设不得不关注国际评估体系及惯例，从而保证本国的教育和文凭具有可比性并获得国际认可和信任；然而，包括法国在内的大多数国家却“缺乏足够的人力资源去承担和管理这一复杂的行动，比如进行自我研究和同行评估，这已成为在全球范围内建设质量保障计划的一个严重的挑战”[2]。另外，评估体系的建立总要以国家的高等教育组织模式和教育传统为基础，虽然美国、英国、加拿大、比利时等国家的评估机制建立较早，但对于法国却非可以套用的现成模式。目前在法国，承担高等教育评估工作的有国家和地方的督导机构，还有独立行政机构，比如高等教育与评估中心，这种评估模式可以说是具有法国特色的。这里需要强调的是，这些机构的评估结果并不用于评断大学是否具有颁发文凭的资格（这一点不同于对“大学校”进行评估监督的工程师学衔委员会），而且其评估的对象主要是国家教育体系的行政组织和学术机构的运行状况而很少针对学者个人。
对于学者的评估主要来自大学全国委员会按照学科或分学科对大学教师的评估，事实上，一直以来对于法国学者的评估和审核都是以“同行评议”为原则的。早在“学院共和国”时期，学院（而非大学）与政府直接对话，学科大教授作为学院的代表固守着“学术象牙塔”，在一定程度上保护着学者的自由，第二次世界大战之后，随着大学全国委员会的建立，大学人员的招聘、职称晋升转由该机构负责评估审议。正因如此，在学术自由方面大学自治改革的政策显得有些矛盾，一方面，自治改革宣扬保证教师和研究人员的学术自由，包括自主制定上课的内容、教学法、考试形式和研究计划；另一方面又允许多方主体参与大学决策，包括确定课程大纲，政策越来越表现出要给予校外人员更多发言权的趋势，同时2007年“大学自治法”将教师工作和奖金的分配权交予大学校长，在扩大校长行政权力的同时却没有形成有效的制约机制，这些可能给学术职业造成影响的问题将成为改革成功与否的关键。