这一时期，以1993年中央颁布的《中国教育改革和发展纲要》（以下简称《纲要》）为标志，多渠道筹措教育经费发展高等教育，更好地为社会主义市场经济服务成为主要特点，突出表现在以下几个方面。
——改革了高校的办学体制和管理体制。为解决高校“条块分割”办学和管理体制存在的问题，这一时期中央开始将原来由中央有关部委、企业管理的学校，以“共建、合并、划转、协作、合作”等形式，逐步下放给省级政府管理，中央只保留少数重点骨干高校，真正落实了高等教育实行中央、省两级管理，以省为主的办学和管理体制。增强了地方政府的权力和责任，同时客观上也加大了地方政府的财政负担。
——形成了多样化的高等教育投资渠道。《纲要》明确了今后一个时期我国建立“以国家财政拨款为主，多渠道筹措教育经费”的体制，并明确指出要“改变政府包揽办学的格局，逐步建立以政府办学为主体，社会各界共同办学的体制”，将学费、校办产业、社会服务、社会捐资助学、金融信贷等手段作为国家财政性教育经费之外教育经费筹措的主要手段。经过不断的探索和完善，初步形成了财政拨款、学费收入、学校创收、社会捐赠等多样化的高等教育投资渠道。
——建立了学生缴费上学，国家资助保障的制度。经过不断探索完善，这个时期我国完成了“公费生”和“自费生”在收费上的“并轨”，收费政策统一，同时规定学费标准根据年生均教育培养成本的一定比例确定（控制在25%以内）。不同地区、不同专业、不同层次的学生收费标准可以有所区别。在完善学生收费制度的同时，国家也逐步完善了学生资助体系，建立了对困难学生的资助政策、贷款政策、勤工助学政策和奖学金政策等，以帮助家庭经济困难学生完成学业。