当前我国创新型国家建设的体制和制度问题主要有国家科教体制分离的制度安排、高校科研在国家创新体系的战略地位尚未确立，以及大学产学研一体化政策还不完善等。
（一）国家科教体制分离的制度安排，严重制约国家创新体系建设
长期以来，我国的科教体制是以科研院所为主体的科研机构和兼具科研与人才培养功能的高等学校并行发展。这种政策安排，适应了当时社会经济建设的需要，短时期内迅速积聚了大批科研人才与科研成果，为我国科教事业的发展奠定了坚实的基础。改革开放近四十年来，我国逐步对科研和教育体制进行改革，越来越重视科研与教育的结合，但尚未从根本上改变科研和教育相对分离的体制，即科研、教育发展的“二元化”轨道。从实践层面来说，我国科教分离政策严重阻碍了国家创新体系的建设，具体表现为以下两点。
第一，这种科教分离政策造成了科研与教育资源的巨大浪费，直接导致高校科研资源的严重不足，严重制约了创新型人才的培养。从美国的历史经验看，高校是承担基础研究的主要部门，构成了其人才培养尤其是研究生教育的坚实基础。我国大部分的科研经费都投入到科研院所，高校研发经费投入严重不足。2006年，经合组织成员国的高校获得的研发经费占其研发经费的比例达到我国高校的2～5倍。[12]2013年，我国政府投入研发经费2500.6亿元，高校研发经费投入仅为856.7亿元，占全国研发经费的7.2%。[13]科研资源投入的不足，导致高校在知识与技术创新中无法充分地支撑创新型人才的培养，使得科技创新缺乏后劲和可持续发展的能力。
第二，科研院所科研资源丰富，但没有全面地参与到人才培养中去。与高校相比，科研院所获得更多的研究资源支持，但是其科研资源却无法有效地转化为教育资源。科研院所招生规模较小，无法充分地利用科研资源，进行大批量创新型人才的培养，这就造成了有些科研资源的闲置和浪费。2010年全国研究生招生计划中，科研院所计划招收硕士研究生6341人，博士研究生1768人，仅占全国计划招生总规模的1.2%和2.5%。[14]另外，科研院所培养的研究生往往专业性很强，但欠缺宽厚的通识教育基础，缺乏科学创新所必需的人文社会科学素养和文化艺术修养，缺乏高校的学科基础、文化氛围，原始创新能力受到限制。这样的研究生就很难成为拔尖创新人才和科技领军人物。