当前我国高校内部管理存在着高校内部权力分配集中化和官僚化现象严重、学术权力和行政权力之间存在冲突，以及高校教师队伍建设评聘制度执行不严格、教师职称结构不合理的问题。
（一）高等学校内部权力分配制度问题突出
根据1998年颁布的《中华人民共和国高等教育法》（以下简称《高等教育法》），我国高等学校的内部管理体制实行的是党委领导下的校长负责制。具体而言，在我国的高等学校里，党委是学校领导的核心，统一领导学校的各项工作，支持校长独立负责地行使职权。党委的职责主要是：执行党的路线、方针、政策，坚持社会主义办学方向，领导学校的思想政治工作和德育工作，讨论决定学校内部组织机构的设置和内部组织机构负责人的人选，讨论决定学校的改革、发展和基本管理制度等重大事项，保证以培养人才为中心的各项任务的完成。校长则全面负责本学校的教学、科学研究和其他行政管理工作。
从整体来看，我国高等学校的这种管理体制是符合我国高等教育的发展规律的，并且在实践中也取得了积极的成果。但是在一些具体的管理实践过程中，还存在一些问题，主要表现为两个方面，一是校院权力分配上的权力集中化和官僚化，二是高校内部行政权力严重制约学术权力。
1.校院权力分配上的权力集中化和官僚化
在我国高等学校内部权力分配上，当前的一个突出特点就是权力过多地集中在校级层面上，学院的权力相对比较薄弱，这主要体现在以下几个方面。一是财务权。按照1997年颁布的《高等学校财务制度》第五条的规定，我国“高等学校实行‘统一领导、集中管理’的财务管理体制；规模较大的学校实行‘统一领导、分级管理’的财务管理体制”。这一规定，体现了我国高等学校在财务管理上的统一性和灵活性。然而在具体的管理实践中，目前我国高等学校的财务权大多采取的是“统一领导，统一管理”的模式，财务权还主要集中在校级层面。例如，在政府拨付经费和学校自主创收经费的分配上，一般是学校按照一定标准预留部分作为校级行政及学术管理费用，然后按学校等有关规定分配到校级各职能部门，由它们来决定这些经费在各专业学院之间的分配。二是人事管理权。目前我国高等学校的人事管理权力同样集中在校级层面。按照《高等教育法》的规定，聘任与解聘教师以及内部其他工作人员属于校长的职权。这就是说，学院在人事分配上没有多少决策权。尽管我们看到一些高等学校的学院也可以自行聘任教师或其他工作人员，但是这些人员的各方面待遇等不属于学校所负担的范围，需要学院自行解决。另外，目前我国大部分高等学校对教职员工的考核也由校级相关职能部门来完成，包括教师职称的评定标准、程序等也是如此。三是资源配置权。合理的资源配置是高等学校管理的一个重要方面。从我国目前的高等学校管理现状来看，资源配置主要还是学校的事情，即学校掌握着资源配置的主要权力，学院在该方面的可支配权力十分有限，也十分弱小。