高校是国家创新体系的重要组成部分，是“国家知识创新的主力军、技术创新的重要方面军、科技成果转化的生力军”[7]，在创新型人才培养和创新文化建设等方面也具有独特优势。人才培养是高校的根本任务，培养大批创新型人才是我国创新型国家建设对高校提出的急迫要求。长期以来，我国高校存在科研与教学“两张皮”的现象，已经严重影响到高校职能的整体发挥。在诸多原因之中，科研评价机制已成为一个饱受诟病的关注对象之一。如何改进高校的科研评价机制，将科研与教学进行整合，已成为当前我国高校的重要任务。结合高校特点和当前我国现实需要，在整合科研与教学的过程中，我们应该坚持推进以人才培养为导向的高校科研评价改革。
（一）加强教学部门与科研部门的协同，在教学评估中提高科研创新融入教学的考核权重，在科研评价中加大科研成果及时转化为教学成果的鼓励和引导
《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》指出，要把教学作为教师考核的首要内容，把教授为低年级学生授课作为重要制度。在大学，尤其是研究型大学，教授既是培养拔尖创新型人才的主要承担者，又是创新科技与文化的重要实现者，还是知识、技术应用的重要参与者。教授通过对教学材料的加工，创造性地传播科学文化知识；以智力为本，拓展受教育者的能力；以身心两健为目标，塑造全面发展的人。这呼应了教学与科研不可分割的要求。当下在科研评价中，高校更应增加教学效果的指标权重，把教授对学生的指导纳入科研评价的具体指标，鼓励大学教师不断改进教法，更新教学手段，更新课件内容。
高校科研工作存在很多问题，如大量低水平的重复、抄袭严重、学术不规范等。从问题表象看，好像许多高校教学科研人员仅仅满足于论文著作的发表，以及所获得的名利，其实背后涉及的是更深层次的具有“重数量、轻质量”“重科研、轻教学”等典型特征的科研评价机制。我国高校科研已经出现脱离为人才培养和社会发展服务的现象。大量学术文章被称为“文字垃圾”，成批科研成果被“束之高阁”就是最好的明证。因此，作为指挥棒的大学评价必须要进行改革。首先，评价的重心应当从论文数量、刊物类别和项目级别、经费转为研究成果的价值，包括其对教学工作、人才培养和社会服务等方面产生的实际效益。其次，科研评价应该从只关注科研成果到兼顾科研过程，应当从研究启动与实施到成果发表、推广，再到发挥学术效应和社会效应。最后，从项目、职称、奖励等资源分配方面也要改变功利取向。一方面，突出对成果质量和成果转化程度的考查和奖励，鼓励大家多出高水平成果；另一方面，也要为学术积累和沉淀留有一定的许可空间，尤其是在基础研究领域，除了使用定量科研指标，更要重视关于质量的科研指标。另外，在教学评估中也要加强对科研工作的回应与关照，提高科研创新融入教学的考核权重和奖励，鼓励科研成果及时向教学成果的转化。