我们应建立与国家创新体系紧密联系和相辅相成的教育创新体系，形成符合社会主义市场经济规律和科技自身发展规律的宏观科教管理体制，创设促进教育创新的教育创新政策体系，形成知识创新、技术创新和创新型人才培养三位一体的完善的国家创新体系。
（一）以创新目标体系建设为指向，确保教育创新体系建设的科学定位
一个明确的目标是完成任务的指针。构建一个完整的创新目标体系是实施教育创新体系建设的首要任务。教育是前沿知识的生产者、创新人才的培养者、创新文化的孕育者，是创新网络的纽带。构建教育创新体系的目标就是充分发挥教育的基础性、先导性和全局性作用，为建设创新型国家提供源源不断的动力。具体到大学而言，作为创新型人才培养和输出基地，大学要在不断增强自身的自主创新能力的同时，积极创新现有人才培养模式和机制，大幅提高创新型人才培养的质量和水平，切实发挥知识创新的主力军、技术创新的重要方面军、科技成果转化的生力军的作用，为我国创新型国家建设提供源源不断的创新型人才。当然，创新不是盲目的，每一所大学的创新活动都要立足于自身的特点和发展实际。各大学应结合自身的发展定位、办学实力、学科特点、区域环境等实际情况，确定自己的目标体系，不断构建完善的、具有自身特点的、符合自身需要的创新体系，从而在教育创新和创新型国家建设中发挥更好的作用。
从大学在国家创新体系中的角色定位出发，大学创新的目标为：培养创新型人才，为创新型国家建设提供人力资源；搭建创新平台催生高水平科技成果；建设技术转移和社会服务体系，提高大学的社会服务水平与质量；培育创新文化和理念，引领国家和社会的未来发展等。但是当前我国大学还存在创造性人才培养模式不健全，大学人事、科研和教学管理制度缺乏灵活性，没有形成良性流畅的产学研合作机制等障碍因素。更好地发挥大学的创新作用，势必会对现行的大学教育及管理观念、管理体制、科学研究、人才培养、文化建设等方面带来冲击。因此，大学必须从教育观念、管理体制、科技研发支持与管理、人才培养模式、校园文化建设等方面加强内部治理改革，加强大学创新所需要的环境与机制建设。健全的大学创新目标体系至少应包括以下几个子体系：观念创新目标体系、管理创新目标体系、科技创新目标体系、人才培养创新目标体系和文化创新目标体系等。