教育创新系统是一个有机的整体，包含多种要素，如教育管理体制、教育政策、教育资源及其协调程度、市场需求、科技教育水平等。这些不同特征的因素都对教育创新的形成产生作用和效果，各种要素之间也会相互影响，从而导致创新过程及结果的变化，即教育创新系统是一个多层次、多变量、多子系统的多维复合系统。同时不断变化的外部环境构成了教育创新动态变化的外部条件，对其也会产生不同程度的影响。
（一）教育创新是一项复杂而艰巨的系统工程
近年来，国外关于模块（Module & Modular）问题的相关研究已经开始涉足组织结构、管理程序、产业发展机制、经济系统运行等多个社会科学领域。经典的解释认为，模块是指具有某种确定独立功能的半自律性的子系统，它可以通过标准的界面结构与其他功能的半自律性子系统按照一定的规则相互联系而构成更加复杂的系统，而模块化则是一个将系统进行分解和整合的动态过程。[169]模块与模块化的提出，其重要的意义在于它所呈现出的用于解决复杂系统问题的方法。
创新系统可以视为由一个个复杂的子系统构成的系统。从模块的视界看，一个完整的教育创新过程，应具备四个模块。一是动力模块。变革的动力被定义为对变革的本质和变革的过程具有自觉的认识。动力要素是教育创新的起搏器。创新行为的产生是外部动力和内部动力共同作用的结果。外部动力为创新提供适当的环境，主要包括政策保障、体制机制、竞争、社会及市场的需求、激励机制等。内部动力促使内部各要素主动地积累自身的创新能力，从而产生创新行为，包括发展目标、技术、知识、制度、服务等要素的稀缺、发展不协调、创新瓶颈等因素。教育创新系统的整个运行过程都是在内外合力作用下进行的，各种因素动力在不同的创新过程中表现出的动力大小也有所不同。总体而言，从动力角度分析，教育创新被分为三类：迫于生存压力而进行的教育创新；追求教育理想而提出的教育创新；附于政策变革而引发的教育创新。[170]二是要素模块。教育发展要素主要包括人力资源、财力资源、物质资源和信息资源。人力资源是教育创新的主体，是教育创新系统中最重要的部分。财力资源涉及教育的经济实力以及用于创新的资金情况。物质资源包括基础设施以及所拥有的自然资源和社会资源等。而信息资源是指教育的信息化以及知识经济的发展水平，此外，还包括制度和管理因素等。为构成更大的变革能力，还需要作为生成基础的四项核心能力：个人愿景的形成、探索能力、控制能力和协作能力。[171]教育发展要素是教育创新的基础和主体，同时也是教育创新价值不断转化后的积累。不同的教育发展方式，对教育资源的依赖程度有所不同，对教育资源配置和使用的要求也往往存在差异。三是运行模块。创新是个人、组织和环境因素之间进行复杂交互作用的结果。创新绩效不仅依赖于特定的行动者如何行动，而且更依赖于他们作为创新系统中的要素如何在机构、地区、国家和国际层次上相互作用。创新要素与创新价值之间的桥梁是创新运行。没有创新运行，创新资源难以转化为创新价值，从而使整个教育创新活动失败。教育发展方式的差异，直接体现为教育发展要素的不同组合；教育发展方式的转变，必将体现为教育资源配置方式的转变，而教育资源配置方式反过来也会影响教育发展方式的实施。四是价值模块。无论创新的源头来自哪里，无论创新的形式怎样，如果没有新价值的实现，创新就是不完整的，或者说就不能称其为创新。在经济全球化和知识经济背景下，创新活动与价值实现关系越来越密切，从而使得创新活动及其创新组织的绩效备受关注。教育创新的价值应当具有可感性，并能给社会发展带来利益。创新价值是教育创新系统运行的结果反映。现阶段教育所具有的各个方面的创新能力正是前一阶段创新价值结果的体现。有研究认为，一种教育创新至少要引发三个方面的变化：一是教育与文化包括经济作用方式的演进，或在作用方式、方向以及作用的水平上的转变或变革；二是教育内在结构的演进，如教育制度、专业结构等作用方式的转变；三是教育过程中学习、学生和学业方面的转变。[172]教育创新溢出价值还包括经济发展水平、科技进步程度、国民素质提高状况、教育综合实力以及教育的国际竞争力等方面的提升。