通过对“新机制”实施前后农村义务教育阶段学校教育经费及办学条件方面的统计数据的对比分析，我们认为，“新机制”的启动与全面推行初步实现了减轻农民负担、强化各级政府对于农村义务教育的投入责任、提高农村义务教育的投入水平、促进教育资源均衡配置等政策目标。不过，应当看到，农村义务教育经费保障新机制的推行与巩固仍然在一些方面存在问题。这些问题可以概括为以下几个方面：政策设计还不够完善；投入总量还不足；“新机制”的监测与评价尚未全面开展。
第一，中央与省级政府在农村义务教育经费保障方面的负担比例的设计不甚合理，未充分考虑区域内部省级政府的财政能力差异。
表3-4 各地区中央与地方分担农村义务教育经费情况
“新机制”依据东、中、西三片地区来确定中央和地方政府对农村义务教育经费承担的项目和比例（参见表3-4），各省按照中央与地方间农村义务教育经费投入责任分担原则，结合本省的具体情况，制定出省级政府与各市、县级政府的经费分担规则。但是这种方式忽略了地区间经济发展存在的不平衡，例如西部地区虽然整体经济发展较为落后，但仍然有诸如重庆、成都等经济较发达的地区。而中部的河南、江西、湖北、湖南等地仍有较多的国家级贫困县，在东部地区中，辽宁、福建及江苏较其他几个省的经济发展也存在着较大的差距。所以按照东中西部划分中央与省级政府的农村义务教育经费投入比例缺乏公平性。根据三大区域划分来制定经费分担比例并没有真正地考虑各省份经济发展水平，这可能会带来部分经济水平较低省份的财政负担过重，难以保障“新机制”各项经费全面落实。因而，我们建议根据各省近三年来的经济发展水平和财政收入情况，重新划分三类区域（财政投入能力高、中、低三类区域），并结合各区域教育发展水平和办学条件，设立中央与地方各项经费投入比例，以保障“新机制”各项经费全面落实，以及不断提高各项经费投入水平。