由此认识出发，牧野笃先后发表了《陶行知“生活教育”思想的产生与构成》《试论陶行知“生活教育”论的基本构造》《关于陶行知“工学团”运动中共同体的考察》《陶行知“生活教育”小考》《陶行知“平民教育”运动的思想结构和行动》《陶行知“工学团”的集团论》《陶行知“乡村师范”的集团论》《陶行知教育思想之根基——金陵大学时代对王阳明思想的解释与吸收》《陶行童少年时期的活动与教育》《杜威·陶行知·毛泽东》《陶行知与日本》《关于陶行知在美国留学期间学习与生活的若干考察》《陶行知争论》等论文，从陶行知教育思想主体性的审视角度对陶行知的生平家世、思想演变等问题，作了许多饶有新意的探讨，引起了学术界的广泛注意。牧野笃作为一个有强烈史学主体意识的日本学者，他能站在中国之外从国际视角、以局外身份来审视与思考陶行知思想的生成机理、演变轨迹及其横纵影响，极大地开阔了陶行知研究的理论视野与思维路径。首先，他在广泛考察与体验陶行知故乡的风土人情、风俗文化，并深入思考徽商重视文化、热衷教育的历史传统以及中国的传统教育对青少年时期陶行知的成长所产生的基础性影响。通过两年多对安徽、江苏、四川、上海等陶行知生平活动过的地方的实地考察和对陶行知夫人、儿子、亲属、学生的走访，以及在此基础上所作的深入研究，他认为，陶行知“接受科学的态度，一边以自己成长的土壤为基础，即以现实生活为基础，一边以自己是一个中国人的强烈意识规范着自己的行为方向。”正是这样的生活环境与文化氛围，才导致陶行知产生了“作为一个中国人，要为中国做贡献”的思想。其次，他以丰厚的学养，从中国的主流文化——儒学以及以其为核心形成的宋明理学对青年陶行知的基础影响以及后来以此为基本土壤接纳西方思想文化的视角，去深刻体认了陶行知富有创造性的“行—知—行”思想的深厚根基。明显地将海外陶行知研究引向了纵深，突破了就事论事，以现象求结论的浅层次研究模式。特别是他对陶行知在金陵大学期间，学习与吸纳王阳明思想和在美国哥伦比亚大学留学期间的生活与学习细节作了细致入微的考察与研究，为深入探究陶行知生活教育思想的生成机理与构建动因提供了真实、具体的依据。再次，牧野笃还较为系统地研究了陶行知的生活教育思想、平民教育思想和重视人的个性发展的思想。他在深入钻研近代中国的社会环境、陶行知的受教育历程以及世界教育思潮的基础上，探究了这位近代中国伟大教育家的教育思想体系。他认为，“生活”是连接以救亡为旨归的政治课题和以发展为目的的教育课题的媒介与桥梁，为了更好地实现通过教育课题去“培养能够担负政治课题的主体”的目的，陶行知将“生活教育”作为其教育思想的核心与关键是必然的。牧野笃本着了解陶行知“平民教育”思想是“全面把握、了解并评估他的‘生活教育’思想”的钥匙的研究旨趣，去接触和分析陶行知的“平民教育”思想。通过深入挖掘牧野笃认为，陶行知平民教育思想的核心内容是“活的机制”“国家的观念”和“到民间去的运动”，只有领悟这些理念，方可“阐明陶行知生活教育思想全体结构”。同时，牧野笃还从“个体与人类”“民族与爱”相统一的高度去探讨与分析陶行知关于人的个性发展的思想。他认为，陶行知的将培养人的个性巧妙地纳入到了民族解放乃至人类发展的宏观体系中去思考与体认，实现了一种高层次上教育理论的飞跃。复次，牧野笃从陶行知创办晓庄师范学校、山海工学团等教育实践中，提升出了“集团论”思想。在他看来，陶行知的“集团论”思想体现在各个层次、诸多方面：在教学上，以“教学做合一”为纽带构成师生协作的“集团”；在管理中，以“生活教育”为轴心形成了社会与学校融通的“集团”；在个人发展方面，以增强能力为旨归将个体置于“自立、自卫”的乡村“集团”；在实践活动中，建成“工以养生，学以明生，团以保生”的“集团”；最终上升到民族前途的高度，以实现人民解放、民族独立为目标，努力建成“以人民为主体的共和国”这个大“集团”。牧野笃创造性地将“集团论”视作陶行知思想与实践的一个闪光点，并作了建构性的理论探讨，为海内外研究陶行知思想提供了新的思路。此外，牧野笃还对陶行知思想对新中国及日本的影响作了专题研究。以毛泽东论“书呆子”为话题，纵向钩沉，深入探讨了陶行知反对“死读书，读书死，读书死”，力戒成为“书架子、纸篓子”的思想直接影响到了毛泽东后期的思想；陶行知先讲过的“向老妈子学习”与毛泽东后期提出的“向人民群众学习”具有相同的论理。他还论及陶行知创造性地吸收西方文化、善于将西方思想本土化的做法，对日本上世纪30年代一味照搬美国教育模式具有冲击作用，同时也给日本批判地吸收西方文化提供了新的启示。