一般来说，进行个案研究分为五个步骤：确定主题和研究对象、收集资料、案例分析、指导与追踪、撰写个案研究报告和论文。
1.确定个案研究的主题和研究对象
有效地选择研究对象十分重要，这关系到所得出的结论是否有价值。从事教育工作的教师，为了探索提高教育教学质量的方法，完全可以把研究对象确定在与此相关的人与事例上，例如关于学习困难学生的研究，对学习困难学生个性发展的研究，对学习困难学生不良行为形成的原因与对策的研究等。个案研究对象的确定，一般可以选择有一系列不同于他人的行为表现，而且对这些行为形成的原因、特点、发展趋势的重要性认识不甚清楚，而又有搞清楚它的必要和兴趣。研究对象确定后，随之而来的工作就是要对个案现状进行了解与评定。一般个案现状评定的基本内容除包括个案表面现状突出的方面，有专门的测量与评定之外，还应对个案的现状有一个全面的了解与评定。总之，了解、评定那些有助于研究者认识个案各方面发展的平行、协同的关系，有助于发现个案潜在发展趋势的现状。仅以研究学生学习障碍为例，可以考虑个案的各科学业成绩，智力测验成绩，个性测验情况，个人的兴趣爱好，父母的文化水平、职业及兴趣爱好，家庭教养、经济、成员间的关系，社会交际能力及教师教学情况等。确定个案是指确定研究及辅导对象。首先，教师必须明确自己要研究的问题究竟是什么，这样才能有目的、有意识地去寻找符合条件的个案。其次，要对所研究问题涉及的主要概念形成明确的定义。比如，教师打算研究“学习困难”这个问题，就一定要对学习困难有明确的定义，清楚学习困难的操作性定义以及学习困难的特征和表现。最后，在初步选定了符合条件的个案后，通过实地查看、调查询问、查阅资料等形式，了解被研究者的情况，综合考虑时间、路程、经费等问题，从中挑选有研究价值、有代表性和典型性并且切实可行的个案来进行深入研究。