我国高等教育评估从无到有，再到具有一定的规模和当前的发展水平，获得了全社会不同群体的普遍关注。当前高等教育评估活动的民间参与性及其程度，以及将评估与质量的持续改进和质量保障相结合的发展趋势等，都在一定程度上反映出国际高等教育评估发展的时代特征。更重要的是，这一切只是在很短的时间内完成的，所以，无论从何种角度来说，我国高等教育评估所取得的成绩都是巨大的。但这是仅就我们的基础而言的进步，就我们的目标和高等教育评估的实际效果而言，要取得进一步的发展，我们还有很多问题需要解决。
目前，我国的高等教育评估工作的主要问题有以下四个。