20世纪90年代以来，政府和政府委托的评估虽然与高等教育发展的政策制定和工作推进关系密切，对高等教育改革实践的发展产生了极为重要的促进作用，但不可否认，来自政府的评估大多数属于局部性的和阶段性的评估，往往与政府特定部门的工作开展和特定时期的政策贯彻直接相关。结果是政府评估在全面把握和引导高等教育的整体发展方面的力度不够大，评估导致的政策效果也不够稳定，评估影响更多地表现为缺乏时效性的事后清算和缺乏稳定性的短期效应。
从提高高等教育整体水平的角度而言，政府评估应注重发挥对院校整体水平的促进作用和对高等教育长远发展的影响作用，应该形成和表现政府一贯性立场的价值导向。这就要求政府主导的评估无论从评估内容还是从评估目的来看，评估本身应该具有持续性和稳定性的特点，以给其领导下的学校一种稳定的价值引导和稳定的行为预期。学校在清楚地了解该干什么、行为结果是什么之后，才能对自身的管理做出切实可行与稳定的行动计划，并加以贯彻。否则，学校难以做出长远的发展规划，只好一步一步地等待，看看下一次的政府评估关注的是什么、做得好与不好的结果又是什么，再来决定自己该怎么办。结果是上上下下都处于被动的状态，我国的高等教育发展也会是一波三折，缺乏稳定性。
政府主导的高等教育评估还应该更多地反映受教育者的利益与需求的满足情况，反映高等教育组织成员在学习与工作过程中的满意情况。毕竟政府是代表人民对教育实施管理职能的机构，对高等教育的多元利益相关者的关注应该体现公平原则。也就是说，政府评估的作用不只是对高校进行检查和监督，同时还应该为全社会服务，包括为高校服务。高校可以从政府的评估信息中了解自己的状况，寻求对进一步发展有价值的参考信息；社会各行各业可以了解高校和高等教育整体发展状况的可靠信息并加以利用；社会的不同群体能够利用政府评估的可信依据对高校进行选择与监督。这就意味着政府的评估结果应该公开，应该利用评估结果向社会提供可靠的高等教育运行信息。在高度信息化的时代，政府评估结果的公开与透明化对于评估本身的成熟、政府管理水平的提高、高等教育的整体发展和进步都是必要的和重要的。