政府在高等学校教学质量保障体系和社会对高等学校教育质量的监督制度中扮演着双重角色，它既是高等学校教学质量保障和社会对高等学校教育质量的监督工作的宏观调控者，又是高等学校教育质量的行政监督者。在目前的评估活动中，政府既是办学者又是管理者。政府的管理者角色使政府评估对高校存在较强的导向作用。由于政府主持的评估导向作用太强，容易引起高校间因名声、利益的竞争而产生的畸形竞争，从而导致在评估过程中学校弄虚作假，评估结果往往很难反映高校的真实情况。此外，教育主管部门如果集管理者与评估者于一身，权责不清，可能会在制定评估指标时考虑自己的位置和利益，从而有失公正，也易产生“报喜不报忧”的弊端。
政府机关在高等教育评估中，应从评估的直接实施者转变为各种政府评估机构的组织者和协调者。在上述政府的两种角色中，政府对高等学校教学质量保障和社会对高等学校教育质量的监督工作的宏观调控职能是主要的，政府应当逐步加强法制建设，通过完善教育评估法规体系和立法机制，建立各类教育质量标准，利用市场机制对高等学校的发展进行宏观管理，保证评估中高等学校的主体性地位，充分调动高等学校参与评估的积极性；政府还应积极推动中介机构的规范发展，为其评估功能及效果的顺利实现创造一个良好的政策环境。