民间评估发展较快，一些中介机构、社会组织开始参与高等教育评估，这种参与有利于政府、学校和社会间的互动，减缓高校对政府的过度依赖。但这些民间机构与官方评估机构或政府授权的评估机构之间，在资质方面差异很大。由于我国高等教育民间评估机构的资质和管理方面还存在各种不足，民间评估在增强社会与高等学校间的联系、提高社会对高等学校的关注与监督力度的同时，也对高等教育的发展造成了一定的负面影响。这种负面影响主要是由评估的科学性问题引发的。以民间评估影响最大的广东管理科学研究院的评估为例，其发表的中国大学排名的若干结果引起了社会各方面的批评，主要集中在评估的价值导向和评估工具的科学性方面。
该评估所使用的指标体系设计方面存在不足，使评估结果难以反映高等教育基本价值取向和学校运营的实际结果，也难以可靠地反映出院校间的水平差异和各自的办学特点。如其曾经使用的一级指标是学科专业数量、学生数量和科研成果数量三项，2001年的评估中，取消了学科专业数量指标，用学生数量和科研成果数量作为反映学校社会贡献的一级指标。即使如此，规模决定一切的价值导向依然十分强烈，这种导向在三级指标的权重分配方面表现得更为明显。这样的评估所产生的排名是很难反映院校的实际学术水平与综合能力的。这种导向作用对于目前高校建设中的争上专业、争扩规模，忽视发展目标和管理制度建设的倾向不能说没有责任。规模与学术能力并非正比关系，产量的多寡也不能直接转换为社会贡献，质量是决定社会贡献的重要因素，影响学术能力的因素也是多方面的。
民间评估机构在进行评估时，评价指标不宜轻易修改，要有一定的稳定性。如吉林大学，在网大2002年的大学排行榜中排第20名，2003年排第31名，湖南大学在网大2003年的排行榜中排第62名，2004年排第41名，一个大学在短短一年中的变化一般不可能非常大，但在一年时间的排名相差如此大，说明评价体系的稳定性有问题，也说明民间评估机构仍处于一个不成熟的发展阶段。