高等教育要多样化发展，关键的问题是怎样才能够实现多样化，怎样实施高等学校的分类发展与特色定位。
（一）单纯的分层办学模式的不足
目前中国走的是一条分层办学的路子，即将高等学校按层次分为研究型大学、教学科研型大学、教学型本科院校、职业技术学院等，“211”工程、“985”工程等的实施也促使一批高等学校向研究型大学目标迈进，即在具体的实践中推动了高等学校的分层发展。但是，问题并未得到全面解决。
第一，分层办学未能解决高等学校办学目标的拔高问题。随着国家“985工程”“211工程”的成功实施，在功利**面前，一些并不具备条件的学校纷纷提出了向一流大学、研究型大学或教学科研型大学迈进的目标。学校追求升格、办学模式单一的现象不能很好地得到扭转。
第二，专门学院的办学特色不便保持。新中国成立初期，政府在接管和改造旧的高等学校体系后，通过院系调整等措施建立起了一大批专门学院，以其培养人才的有效针对性，有力地促进了当时的社会主义建设。近几十年来，随着一些专业性很强的原行业部委院校在体制改革中划归地方为主管理，以及一批高等学校向综合性大学迈进，专门学院的特色在逐步丧失，学院传统的优势学科有被削弱的危险。单纯的分层办学无助于这一问题的解决。
第三，分层办学不利于高等学校毕业生下基层。2003年，OECD专家组对我国考察后，在《经合组织关于中国高教财务与质量保障改革的报告》中提出：“许多贫困地区的学生不愿回到家乡服务于当地，他们还是喜欢在接受高等教育的城市/省里就业。关于这一点，根据欧洲高等教育的经验，毕业生在距他们上学的城市50千米内寻找第一份工作。”中国高等学校传统上是面向大区设置的，存在着按省分布不均的状况。2003年，我国设市城市660个，普通本科院校有644所。但北京市集中了超过8%的学校，四个直辖市共集中了约18%的学校，加上西安、武汉、南京，七城市共集中了约28%的学校，再加上长春、大连、哈尔滨、广州、成都，十二城市共集中了约38%的学校，绝大多数的学校集中在省会城市。高等学校的集中设置及向更高水平的迈进，使毕业生的就业流向进一步集中。