改革开放以来，我国进行了深刻的高等教育体制改革，目的是适应社会的全方位变化及教育自身发展的要求，有效地激发和释放体制的活力。对于普通高校而言，就是建立政府宏观管理、学校面向社会依法自主办学的体制。40年来，我们在推动高等学校办学自主权方面做了许多工作，也取得了不少的成绩。但是，政府对高等学校的管理，仍是一个有待探索的领域，实践中行政配置资源的能力还太强，管得还比较细。落实高等学校自主办学权，需要在依法治教的基础上进一步完善政府的宏观管理职能，确立高等学校的自主法人地位，通过建章立制工作，规范学校内外各种权责及其关系、完善自我约束机制。可通过政府与高校建立契约关系来具体推动这项工作。
（一）改善政府宏观管理，加强高校内部机制建设
高等教育管理体制改革的目标是“建立政府宏观管理、学校面向社会依法自主办学的体制”。政府的管理工作应由重过程管理转向目标管理，由主要依靠行政手段管理转向重点运用立法、拨款、信息和政策指导等手段进行管理，由对学校内部事务干预过多的状况转向主要拟定法规、规划、政策和为基层服务的宏观调控和管理；学校自身的运转应由过去主要根据上级的指令、指示办学，转变为在国家大政方针指导下，学校依法办学和面向社会自主办学。因此，改革的原则是“宏观有序、微观搞活”。
1.政府要转变职能，对高等教育实施宏观管理
第一，关于高等教育管理体制改革。体制的建立和改革，主要来自政府的推动。经过多年来的不断探索，我们建立起了“中央和省两级管理、以省级政府为主”的管理体制，初步建立起了“政府为主、社会积极参与”的举办体制，明确了“高等学校面向社会依法自主办学”的办学体制。应该说，在解决政府和政府间的关系、政府和社会间的关系方面还是有重大突破的，但在解决政府和学校间的关系方面，还存在很大的探索余地。对高等学校的管理，不论是外部还是内部，行政色彩都过于浓厚。