新中国成立以来，特别是中共十一届三中全会以来，我国高等教育宏观管理体制不断调整改革，既有成功的经验，也有失败的教训，值得认真反思。
（一）高等教育宏观管理体制改革的核心主题与成就
几十年来，我国高等教育宏观管理体制的改革主要涉及四个方面的内容：一是解决中央和地方的关系问题；二是解决部门办学的体制问题；三是解决政府和学校的关系问题；四是解决社会和学校的关系问题。
新中国成立以来，中央和地方的关系问题一直是我国高等教育管理体制改革的焦点。从新中国成立初期到1957年，我国对高等学校采取集中统一管理，强调中央的管理权限，而当集中统一管理影响了地方办学的积极性时，从1958年到1962年又实行权力下放、分级管理的管理体制，强调地方的管理权限，结果中央的宏观管理遭到削弱，于是从1963年到1965年调整为统一领导、分级管理的体制，但好景不长，“**”的爆发使整个高等教育处于失控状态。改革开放以后，我国恢复了统一领导、分级管理的体制，并通过30多年的改革，权力过于集中在中央和教育部的现象不断改善，省级人民政府在学校和专业设置、招生计划制订方面的权力不断加大，基本完成了高等教育管理体制和布局结构的调整，形成了中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的新体制，提高了教育质量和办学效益。
部门办学的体制问题也是我国高等教育体制改革的核心问题。新中国成立后，我国学习苏联的高等教育管理体制，不但将高等学校分为中央部门直接管理的学校和委托学校所在地的大行政区或省级政府管理的学校，而且在中央部门和省级政府管理高等学校的内部又分为教育行政部门直接管理的高等学校和委托其他有关业务部门管理的高等学校。几十年来，部门办学现象时强时弱，到1996年，部门办学达到最高峰，有62个中央部门办了366所普通高校。这些学校大都是某一个行业的龙头学校，为特定行业的发展做出了重要的贡献，但是随着经济体制的转型和机构改革的推进，部门办学体制已经难以适应形势的需要。1998年出台的《国务院关于调整撤并部门所属学校管理体制的决定》和1999年出台的《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》按照“共建、调整、合作、合并”的方针，解决部门办学问题。除教育部、外交部、国防科工委、国家民委、公安部、安全部、海关总署、民航总局、体育总局、侨办、中科院、地震局等部门和单位继续管理其所属学校外，国务院部门和单位不再直接管理学校，部门办学、“条块分割”的问题基本得到解决。