1992年，中共十四大确定我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制。随着经济体制、政治体制和科技体制改革的深化，我国原有的与计划经济体制相适应的高等教育宏观管理体制也暴露出一些弊端，主要表现在：高等学校隶属关系复杂，管理上“条块分割”现象严重，不利于统一管理；中央与地方教育行政部门之间、各级教育主管部门与高等学校之间职权、责任不清；政府对高等学校包得过多、统得过死，高等学校缺乏必要的办学自主权。在这种形势下，高等教育宏观管理体制必须进行改革，逐步建立起与社会主义市场经济体制、政治体制和科技体制相适应的高等教育管理体制。
（一）以适应经济体制转型为基础的高等教育管理体制改革
从1992年到1997年，我国高等教育管理体制改革的重心在于突破适应计划经济体制的高等教育管理体制的障碍，探索适应社会主义市场经济体制的高等教育管理体制。
1993年1月，国务院批转《国家教委关于加快改革和积极发展普通高等教育的意见》，指出：“高等教育管理体制和改革方向是，逐步实行中央与省（自治区、直辖市）两级管理、两级负责为主的管理体制。”[15]为此，文件要求改革原有的由国家包办高等教育的单一体制和模式，探索适应社会主义市场经济体制、调动社会办学积极性、多种形式和途径发展高等教育的新路子；进一步改革原有的国家集中计划和政府直接管理的办学体制，逐步建立和完善国家统筹规划和宏观管理、学校面向社会自主办学的新体制；改革高等教育投资体制，逐步建立财政拨款为主、多渠道筹措经费的投资体制；进一步改革招生计划体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合；进一步改革高等学校毕业生“包当干部”和由国家“统包统分”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数毕业生自主择业的就业制度。