中共十一届三中全会以后，改革开放成为我国的基本国策，我国在政治、经济、教育等领域全面拨乱反正，高等教育事业逐步恢复和发展。我国重新确立了对高等教育实行统一领导、分级管理的宏观管理体制，高等教育宏观管理体制逐步完善。
（一）统一领导、分级管理制度的恢复
1977年8月8日，邓小平在科学和教育工作座谈会上发表了《关于科学和教育工作的几点意见》的讲话。他指出，教育工作“需要有一个机构，统一规划，统一调度，统一安排，统一指导协作”[13]。1978年2月，《国务院转发教育部关于恢复和办好全国重点高等学校的报告的通知》的附件《关于恢复和办好全国重点高等学校的意见》要求：“根据有利于党的领导，有利于发挥中央和地方两个积极性，有利于在教学和科学研究工作中早见成效的原则，对全国重点高等学校要实行统一领导，分级管理。教育部应根据党中央、国务院的指示，研究制定有关全国重点高等学校的具体方针、政策和实施办法等。有关部委和省、自治区、直辖市应结合本行业、本地区的情况，组织所属全国重点高等学校贯彻执行。面向全国和面向地区的全国重点高等学校，除少数院校实行有关部委直接领导外，多数院校实行有关部委和省、自治区、直辖市双重领导，以部委为主……面向省、自治区、直辖市的全国重点高等学校，原则上由本省、自治区、直辖市领导，有关部委要给予支持。”这个文件标志着我国开始在全国重点高校恢复统一领导、分级管理的体制。
1979年9月18日，中共中央又批转了《教育部党组关于建议重新颁发关于加强高等学校统一领导、分级管理的决定的报告》，肯定了1963年的《中共中央、国务院关于加强高等学校统一领导、分级管理的决定（试行草案）》的效果，认为除个别条文由于情况发生了变化需要略加修订外，其基本精神和各项主要规定仍是适用的。此后，我国开始在全国高等学校恢复统一领导、分级管理的体制，国务院各部委和各省、市、自治区对各自所属的高等学校的领导管理关系进行了调整。经过这次管理体制的调整，国务院各部委加强了对重点高等学校的领导，各部委所属的高等学校数增加了。至1981年，恢复“中央统一领导，中央和省、市、自治区两级管理”的工作基本完成。1981年，全国共有高等学校704所，由教育部直接领导管理的有38所，由国务院其他各部委领导管理的有226所，由省、市、自治区领导管理的有440所。