（一）认识上不到位、不准确
“综合高中”发展缓慢的原因首先是理论研究滞后、政策导向模糊，以及缺乏准确的价值定位。人们常用普职高中来替代综合高中，甚至有不少的人认为，综合高中办学的目的就是为了解决“生源荒”的问题，在高一高二进行普通教育，高三对一部分升学无望的学生进行职业教育，使他们获得一技之长。而大多数研究者和实践者还停留在对综合高中的表象认识上，将普通教育与职业教育的简单相加看作是综合高中的本质之所在，并没有从根本上搞清综合高中的综合究竟是什么？衡量一所高中是否属于综合高中的基本判断标准有哪些？综合高中的创办是否需要自身的课程结构等问题。
（二）缺乏自身的课程结构
课程是学校培养目标得以落实的具体体现，也是教育教学活动实施的最主要依据。然而，遗憾的是，我国20世纪80年代以来综合高中的发展，并没有在课程上有所突破，2000年颁布的《全日制普通高级中学课程计划（试验修订稿）》和2003年颁布的《普通高中课程方案（实验）》都没有体现综合高中课程的综合性和其与普职课程融合的特点。因此，无论是江宁中学模式，还是南京行知实验中学模式以及无锡模式等，从本质上来说，只是为高三升学无望的学生进行了职业技能培训。纵观20世纪80年代以来我国综合高中的发展，主要以“拼盘式”为主，没有体现和发挥出综合高中的内在优势，这往往使综合高中的学生和普通高中的学生相比在基础知识上处于劣势，和职业学校的学生相比在专业理论上不足。专业技能训练不够，最终导致综合高中的发展陷入困境。
（三）两种学籍制度，两种管理制度的影响
两种学籍制度即普通高中学生学籍制度和中等职业学校学生学籍制度，而两种管理制度主要是指普通高中和职业高中分别隶属于不同的职能部门，采用不同的管理模式。普通高中和中等职业学校在教育部隶属于不同的司管理。在两种学籍制度下，不论是各省出台的《普通高中学生学籍管理办法》，还是国家教委于1992年颁布的《职业高级中学学生学籍管理暂行规定》，基本都限制了不同学籍学生之间相互流动的可能。在两种管理制度的影响下，基础教育部门和职业教育部门各行其职，各负其责，都是基于各自的立场来设计学校的课程和实施教育管理。虽然县域职教中心作为一种新型的办学模式，不仅强调普通教育与职业教育在课程上相互融合与渗透，也强调师资的综合性，以及在教育过程中给予学生多次选择的机会，延缓学生分化的时间等（这些显然对学生的渐进式成长有利），可是，县域职业教育中心只是一种学校类型，并没有涵盖县域内的所有高中阶段学校，高中阶段的两种学籍制度，两种管理制度模式并没有消除的迹象。