1999年，教育部根据第三次全国教育工作会议和有关文件的精神，针对试验中反映出的问题，对“新课程方案”进行了修订和完善，于2000年印发了《全日制普通高级中学课程计划（试验修订稿）》和语文等学科教学大纲。在原两省一市的基础上，江苏、山东、河南、黑龙江、辽宁、安徽、青海等省也于2000年秋季开始使用这套“新课程方案”。同时，全国统一使用了普通高中语文、思想政治两个学科教学大纲的试验修订版；2001年全国统一使用普通高中体育与健康教学大纲的试验修订版。
2000年1月，教育部发布了关于全国使用《全日制普通高级中学课程计划（试验修订稿）》和各学科试验修订版教学大纲的通知，[4]文件指出，1996年启动的课程方案，于1997年在江西省、山西省和天津市进行试验，受到试验省、市师生以及专家的普遍好评。现在要认真学习领会《全日制普通高级中学课程计划（试验修订稿）》的精神，从当地实际出发，积极进行普通高中课程改革，全面提高普通高中教育质量。
文件指出，普通高中阶段要进一步提高学生的思想道德、文化科学、劳动技能、审美情趣和身体心理素质，培养学生的创新精神、实践能力、终身学习的能力和适应社会生活的能力，促进学生个性的健康发展，为高等学校和社会各行各业输送素质良好的普通高中毕业生。
课程设置包括思想政治、语文、数学、外语（英语、俄语、日语等语种）、物理、化学、生物、历史、地理、信息技术、体育和保健、艺术、综合实践活动13门必修课和数学、物理、化学、生物、历史、地理、信息技术7门选修课，以及地方和学校根据学生兴趣要求和发展需要所开设的课程。
课程安排各学年教学时间是：全年52周，教学时间40周；假期（包括寒暑假、节假日和农忙假）10-11周；机动时间1-2周。各学年教学时间40周的安排是：高一、高二年级每学年上课35周，复习考试3周，社会实践和劳动技术教育2周；高三年级上课26周，复习考试12周，社会实践和劳动技术教育2周。另外每周活动按5天安排教学，周活动总量34课时，每课时45分钟。课程设置见下表。