课程与教学评价的科学性是评价得以存在和发展的前提。如果评价的开展没有科学性，那么，课程与教学评价活动也就失去了实施的依据。所以，不断追求课程与教学评价的科学性，是课程与教学评价发展的自身需求。然而，目前人们对课程与教学评价的科学性问题存在着疑问。评价本身是一种基于事实判断的价值判断，由于评价主体价值观的多样性，有可能在评价实践中出现不同评价主体对同一客体的评价结论大相径庭的局面。而若用科学主义的观点看，这样的评价就是不科学的、非理性的。
课程与教学评价的科学性受到质疑，主要涉及教学评价中如何对待事实判断与价值判断的关系问题。事实判断主要是关于客体本身是什么的判断，它是以课程与教学的诸多事实为对象的描述性命题，包括对某一课程与教学行为的描述和对行为者赋予该行为的意义的描述两方面。由于事实判断作为一种行为化、可测量的判断，有普遍性、稳定性、可重复性等诸多特征，所以具有一定信度。而价值判断则不一样，它主要是价值评价主体依据自身需要，对价值客体的属性是否满足主体需要及满足程度而做出的判断。它具有复杂性、不确定性、主观性等特征，重复操作可能会得出不一致的结论，这就使它成了科学主义极力批评的目标。
然而，完全否定价值判断的客观性，进而否定整个价值判断的科学性是不公平的。一方面，评价本身只有把事实判断与价值判断结合起来，以事实判断为基础的价值判断才有可能被认为是合理的；另一方面，价值判断包含着与事实判断相同的具有不依赖于判断者的客观性。这种客观性就是认识的客观性，因为评价实际就是一种认识活动。认识的客观性在马克思那里可以找到答案：认识的内容是一种客观存在；用来进行评价的思维器官本身是客观的；人的认识要受到客观实践的检验；价值判断要以事实判断为基础。价值判断有它的主观性，但离开客观基础便难以存在。作为事实判断与价值判断有机结合的评价机制，不能不受到客观实际的制约。也就是说，价值总是具有事实判断的因素，我们所做的价值判断都有一定的事实指涉。可见，如果认为评价是可以随意的，那就大错特错了。[82]所以，在评价中，价值判断与事实判断是紧密联系的。事实判断是价值判断的基础，是价值判断的手段。价值判断只有以事实判断为基础，才是有效的。离开了事实判断的价值判断则是非理性的。