良好的制度环境是民办教育健康发展的保障，随着民办教育办学实践的推进，理论界也非常关注民办教育制度问题，具体包括法人制度、产权制度、财务制度和税收制度等方面。涉及的关键词有“产权”“营利性”“非营利性”“合理回报”和“公益性”等。
（一）法人制度
法人制度是国家规范市场主体的重要的法律制度。对法人分类制度的研究认为，我国对非营利性民办学校法人的民办非企业单位法人定位存在缺陷，应探索非营利性民办学校登记为事业单位性质的法人制度，给予公办和民办非营利学校同等法律地位。[7]在法人筹资制度方面，认为民办学校筹资渠道狭窄、规范筹资行为的政策欠缺，应借助债券融资和股权融资等模式拓展筹资渠道[8]，国家应建立有效的政策和法律体系，以规范和帮助民办学校获得更多办学资源[9]。在法人治理制度方面，认为建立完善的法人治理结构，在外部制度上要实现民办学校法人财产权的独立，在内部权力配置上要建立二元管理体制、实现决策和管理的分离，完善学校的决策和监督机制。[10]
（二）产权制度
产权制度是对产权界定、运营和保护等的体制安排和法律规定。对民办学校产权归属的研究，形成了产权归国家所有、归投入主体所有、政府直接投入之外的投入和收益私有，以及依据财产来源和学校类型做不同制度安排这四种观点[11]，而实际上当前我国民办学校产权归法人或学校所有，学校存续期间的举办者和办学者不拥有产权，国家政策对民办学校产权关系界定不清[12]。明晰民办学校产权归属，要承认举办者投资办学逐利倾向的客观性，在借鉴国外私立学校成熟法例的基础上，建立产权清晰、责权明确、权义统一的产权制度。[13]民办学校产权结构包括举办者投入的资产、国有资产、接受社会捐赠和学校滚动发展的资产等，单一产权结构对建立现代法人治理结构不利，多元产权结构对实现教育资源配置更有利，在多元产权结构中多考虑校长及教师的人力资源价值，有利于保障学校产权制度的效率。[14]