邓小平同志南方谈话发表后，随着我国由计划经济体制向社会主义市场经济体制转变，民办教育也进入快速增长阶段，民办教育逐渐获得认可和重视，在国家教育事业中的地位从作为公办教育的补充转变为国家教育事业的重要组成部分。
《中国教育改革和发展纲要》充分肯定“政府办学为主体、社会各界共同办学”的体制，第一次明确了国家对社会团体和公民个人依法办学“积极鼓励、大力支持、正确引导、加强管理”的“十六字”方针。此后，全面贯彻落实“十六字”方针成为各级政府、教育行政部门和民办教育工作者的主要任务，各地民办学校及教育机构数量猛增，办学规模不断扩大，办学条件逐步改善，民办教育获得更为包容与开放的制度环境。
此后，《中华人民共和国教师法》（以下简称《教师法》）和《教育法》两部法律提出了民办教育的一些基本原则，明确了民办学校及其教师的地位、性质。1995年，国家教委颁布的《中外合作办学暂行规定》明确中外合作办学为我国教育事业的补充，对引进国外企业或教育机构的资金，向国外开放办学市场，奠定了我国合作办学的制度基础。
1997年，国务院出台《社会力量办学条例》，作为第一个民办教育行政法规，全面、系统、详尽地明确了民办教育发展基本原则、机构设立、教学和行政管理、财产和财务管理、机构变更与解散、政府保障与扶持及法律责任等内容，标志着我国民办教育依法办学、依法管理进入新时期。
在高等教育领域，《中华人民共和国高等教育法》明确了民办高校的地位，并为政府办学为主体、公办学校和民办学校共同发展的格局奠定了坚实基础。1999年，第三次全国教育工作会议通过的《中共中央、国务院关于深化教育体制改革 全面推进素质教育的决定》明确要求，积极鼓励和支持社会力量以多种形式办学，要形成以政府办学为主体、公办学校和民办学校共同发展的格局。