面对新时代民办教育改革发展的新形势新要求，民办学校内部治理尚在不断完善优化之中，不可避免地存在一些突出问题。
（一）董（理）事会组建及运行随意化
当前我国的法律政策对民办学校董（理）事会的规定比较笼统，因而给实际操作留下了较大的自由空间，在一些民办学校实际的董（理）事会治理形式与规范的董（理）事会形式和内涵出现了偏差。一是相关法规对董（理）事会席位数及人员比例虽有明确规定，但是民办学校董（理）事会实际成员中往往没有师生代表及外界人士；二是举办者、董（理）事会、校长行使权力的边界仍不清晰，权力交叉、权力越位现象时常发生，董（理）事长和校长互不理解、互不支持，甚至发生矛盾冲突的现象频发；三是董（理）事会为主的权力决策运行机制也不规范，制度的随意性执行或选择性执行无法衡量、规制。有些学校虽然设立了董（理）事会，但仍沿用“家族式”“家长式”管理模式，董（理）事会形同虚设，未发挥真正作用。实践证明，法人治理仅有组织结构是不够的，必须有严格、规范的运作程序和规则保障治理机制协调运行。
（二）基层党组织边缘化
相比于公办学校实行党委领导下的校长负责制，多数民办学校的领导体制是董事会领导下的校长负责制。在这种情况下，如何发挥好党委在学校发展中的政治核心作用，成为民办学校党建工作的重要课题。
当前，在民办学校内部治理中，党建工作面临不少新情况、新问题、新挑战。如有的民办学校内部治理需要进一步增强党组织的政治核心地位，建立具体化、可操作的制度，确保党委书记有效参与学校重大问题决策，在工作中不缺位、不错位、不越位；针对有的民办学校兼职党组织书记较多、流动性大，支部书记抓党建精力不足、党管党务能力不够，党建工作“谈起来重要、抓起来次要、忙起来不要”等现象，需要进一步加强党务干部队伍建设；需要进一步增强党组织的渗透力，扩展党组织在校内作用的领域，破除干部能力、场地保障、经费投入等因素的制约，解决部分民办学校党组织覆盖率较低、隶属关系不顺畅、党组织生活不正常、党建工作作用不明显、党组织监督作用发挥不到位等问题。