（一）从多样到统一
由于民办教育系统自身演化的复杂性，以及政府对民办学校治理形式缺乏统一的规定和要求，在《民办教育促进法》出台之前，民办学校内部治理形式杂乱多样。当时较为常见的内部治理形式包括董（理）事会领导下的校（院）长负责制、校长负责制、校务委员会领导下的校长负责制、教职工代表大会基础上的校长负责制（这类学校主要由集体发起成立，无实质性的出资者，教职工根据工作时间长短和贡献大小享有学校股权）、主办企业领导下的校长负责制等。这些治理结构形式名称各异，治理主体的职责和权力范围各不相同。教育部有关部门2000年对159所民办高等教育机构和744所民办中小学的调查发现，约67%的民办高等教育机构实行董事会领导下的校长负责制，28%实行校长负责制；约57%的民办中小学实行董事会领导下的校长负责制，28%实行校长负责制。[5]
这种状况一直延续到2002年《民办教育促进法》及其实施条例颁布之后，民办学校才逐渐朝着建立董（理）事会领导下的校（院）长负责制方向发展，到2016年通过新《民办教育促进法》，明确将实行民办学校非营利性、营利性分类管理，民办学校法人治理结构统一到实行董（理）事会领导下的校（院）长负责制。
董（理）事会领导下的校（院）长负责制明晰了学校董（理）事会和校长的权责范围。学校董（理）事会行使下列职权：聘任和解聘校长；修改学校章程和制定学校的规章制度；制定发展规划，批准年度工作计划；筹集办学经费，审核预算、决算；决定教职工的编制定额和工资标准；决定学校的分立、合并、终止和其他重大事项。校长负责学校的教育教学和行政管理工作，行使下列职权：执行学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的决定；实施发展规划，拟订年度工作计划、财务预算和学校规章制度；聘任和解聘学校工作人员，实施奖惩；组织教育教学、科学研究活动，保证教育教学质量；负责学校日常管理工作；学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的其他授权。