价值认同是优化民办学校内部治理的逻辑起点。民办学校内部治理结构的优化，需基于一定的行事规则和价值标准，规定什么类型的行动者被允许存在，什么结构特征是合理的，应该遵循什么程序及与上述行动相关联的意见等规则。[12]
（一）遵循依法治理的价值理念
依法治理，既是我国治国的基本方略，也是各行各业努力推进的重要工作。在教育领域，要推进依法治教、依法治校。民办学校要坚持社会主义办学方向，贯彻国家教育方针，非营利性民办学校与营利性民办学校都要恪守教育公益性原则，把完善章程、落实法人财产权、健全内部治理结构作为重点，牢固树立依法办事的理念，建立公正、合法、系统、完善的制度与程序。要全面推进民办学校依法治理，构建政府依法管理、学校自主办学、社会依法参与的治理格局。
（二）遵循教育规律的价值理念
教育的本质就是教化人心、陶冶情操、完善人生，培养高素质的公民。民办学校虽然有着与公办学校不同的发展轨迹，但都必须遵循教育的规律，掌握实现教育目的的路径与方法；以教育规律为指导，遵循学生身心发展特点和教育教学规律，提供适合的教育；注重创新和发展，依照育人规律、可持续发展规律治校。
（三）遵循以人为本的价值理念
人是发展主体，坚持以人为本的价值观，就是把满足广大学生的成才发展需要作为学校治理的出发点和落脚点。实践以人为本的治理理念，以关心人、尊重人、激励人、解放人、发展人为根本思想来管理学校，把人作为学校内部治理的核心和学校最重要的资源。[13]具体来讲，就是以教师为主导，重视教师的创造性发展；以学生为主体，为学生营造民主、宽松的学习环境。