（一）健全外部制度体系，保障自主办学权力
优化民办学校内部治理，需要建立民办学校、政府、市场、社会四位一体的良性互动关系，保障民办学校办学自主权。
1.科学界定政府与学校的权力边界
落实权力清单制度，明晰政府在学校内部治理过程中的职责，改变直接管理学校的单一方式，综合利用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政措施，减少不必要的行政干预，转向宏观管理，尤其是要完善相关法律，立足各级各类学校的差异性与特殊性，适当分类立法，细化相关规定，增强可操作性。在保证学校办学自主权的同时，明确相关主体应该承担的义务及法律责任。
2.健全外部监督机制
建立“政府主导、部门配合、社会参与”的监督机制。政府监督主要侧重于民办学校对法律法规的落实情况以及有无违法行为。具体而言，一是民办学校日常管理工作的规范化监督，即民办学校是否按照其章程规定，建立健全内部管理制度，完善法人治理结构，实行民主管理，推进民主决策；二是监督和查处民办学校未经登记而擅自开展活动，以及抽逃、转移或挪用办学资金、办学结余分配不符合国家有关规定的行为。通过报纸、电视、广播等各种媒体向社会公众介绍监督和举报民办学校不良办学行为的方法途径，发挥群众监督、新闻舆论监督、民主党派监督和社会团体监督等社会监督的作用。
3.引入和遵循市场化原则
民办学校是自筹经费、自负盈亏、面向市场自主办学的法人实体。民办学校在办学过程中更加注重办学效率和经济效益，力求在保证教育教学质量的前提下，降低成本、减少浪费、提高效率，实现教育资源的最优化组合，用最经济的消耗获得最佳的教育效果。这种“民办”特性决定了民办学校内部治理的构建和运行必须引入并遵循市场化原则，包括控制运行成本、畅通人力资本进入退出等。[15]