我国民办教育的勃兴，本质上源于缓解教育需求与教育供给不足之间的矛盾。这一时期由于民办教育准入门槛低、法规政策滞后，风险防范主要集中在财务管理、教育管理、印章管理等方面，并分散在《社会力量办学财务管理暂行规定》《社会力量办学教学管理暂行规定》《社会力量办学印章管理暂行规定》等法规政策中。《社会力量办学暂行规定》标志着国家正式将民办教育纳入正常的教育管理体制。20世纪90年代末高等教育体制改革和高校扩招等政策实施为民办教育的快速发展注入了新的活力，但由此也衍生了较为严重的办学风险问题。2003年实施的《民办教育促进法》标志着我国民办教育法律体系基本建立。这一阶段，民办教育进入快速发展期，伴之而来的是办学质量不高、经费短缺、管理混乱等带来的办学风险类型增多、压力增大等问题。风险防范的内容除强化教师队伍建设、党团组织建设、教育管理等外，逐步拓展到产权制度、治理结构、内控制度等方面。这些规定散见于《引导民办高等教育健康发展的通知》《民办高等学校办学管理若干规定》等相关法规、规章以及《教育类民办非企业单位登记办法》《民间非营利组织会计制度》《民办教育收费管理暂行办法》等多个部门出台的部门规章。
随着民办教育发展壮大，国家对民办学校办学风险的认识不断深化。《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》从民办教育是“教育事业发展的重要增长点和促进教育改革的重要力量”的认识高度，从深化办学体制改革的角度，针对民办教育提出了“大力支持”和“依法管理”两项要求，明确提出要“建立民办学校办学风险防范机制和信息公开制度”，并提出了一系列的防范措施。自此，民办学校的风险防范由单一的管理思维转变为支持和管理并行，并成为“我国民办高等教育政策从‘规范’向‘扶持’转型的分水岭”[11]。风险防范主体由中央政府下沉到地方各级政府，地方政府成为民办教育创新实践的主体。防范内容由简单分散变得更加全面系统。如温州作为全国民办教育综合改革试点地区，2013年出台民办教育综合改革“1+14”政策，探索出“温州民办教育模式”。上海专门出台了《上海市推进民办高等学校落实法人财产权的实施办法》，对民办学校法人财产权问题进行了规定。